Kuria Metropolitarna w Krakowie, Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Urząd Marszałkowski w Krakowie oraz gmina Wadowice będą decydować o tym, kto będzie zarządzał nową instytucją. Prawdopodobnie będzie to ksiądz. „W tej chwili trwają jeszcze rozmowy i umowa jeszcze nie została podpisana, prawdopodobnie oficjalne powołanie muzeum nastąpi pod koniec marca” - wyjaśnia Jarosław Kostrzewa, rzecznik prasowy Urzędu Marszałkowskiego.

Dzięki temu przekształceniu zmieni się przede wszystkim sposób finansowania budynku, gdyż wcześniej nie można było na muzeum przekazać pieniędzy samorządowych i z budżetu państwa. Teraz muzeum będzie mogło się starać również o dofinansowanie z Unii Europejskiej.

Dom Jana Pawła II przy ul. Kościelnej 7 w Wadowicach od 1984 roku był udostępniany zwiedzającym jako prywatna instytucja. Do 2006 roku był własnością Yechiela Balamutha, spadkobiercy przedwojennego. Później kupił go biznesmen Krzysztof Krauze, który w kwietniu 2009 przekazał go kurii, gdyż na remont domu potrzebne było 20 mln zł.