W kościele św. Piotra i Pawła w Krakowie zgromadzili się bliscy Janusza Kurtyki, jego współpracownicy z Instytutu Pamięci Narodowej, oficjalne delegacje, liczne poczty sztandarowe, naukowcy, młodzież i rzesze krakowian. Wraz z kard. Stanisławem Dziwiszem Mszę św. celebrowali kard. Franciszek Macharski, krakowscy biskupi i wielu kapłanów.

W ceremonii uczestniczą wicemarszałek Senatu Zbigniew Romaszewski, przewodniczący NSZZ „Solidarność” Janusz Śniadek oraz dyrektor sekretariatu prezesa IPN Dorota Koczwańska-Kalita i Franciszek Gryciuk, który od śmierci Kurtyki pełni obowiązki prezesa IPN.

Rozpoczynając uroczystości pogrzebowe kard. Stanisław Dziwisz podkreślał, że Janusz Kurtyka służył prawdzie, a ta służba „z wielu powodów nie była łatwa”. Według niego prezes IPN przypieczętował swoim życiem prawdę o Katyniu. Metropolita krakowski wspominał swoje spotkania z Januszem Kurtyką, podczas których przekonywał się o jego „ogromnej trosce o Instytut Pamięci Narodowej”, o to, by „wiernie i odpowiedzialnie wypełniał powierzone mu zadania”. „Dziś ofiarą Mszy św. pragnę mu podziękować za zaufanie, którym mnie darzył. Wyrazem mojej wdzięczności będzie również jego stała obecność w mojej modlitwie” – zapewnił hierarcha.

Kazanie podczas Mszy św. w intencji Janusza Kurtyki wygłosił krakowski biskup pomocniczy Józef Guzek, który podkreślał, że zasadniczym motywem wyprawy do Katynia ofiar katastrofy pod Smoleńskiem było „wołanie o prawdę”. „Pragnęli oni wszyscy zapalić znicze i pomodlić się na miejscu straceń, a przez to powiedzieć jeszcze raz całemu światu, że pamiętają o tragedii polskiej elity sprzed 70 lat. Dziś wiemy, że najmocniej powiedzieli to przez dramatyczną śmierć, bo śmierć – ofiara życia przemawia najmocniej” – zaznaczył hierarcha.

Zdaniem kaznodziei, większość z nich „uczyła się od Chrystusa umiłowania prawdy”. „Dziś, stojąc nad trumną śp. Janusza Kurtyki i zarazem wspominając tych, którzy zginęli, pragniemy podziękować za lekcję umiłowania prawdy, za to, że „nie kłaniali się okolicznościom, że prawdzie nie kazali stać za drzwiami, nie byli lokajami i zalotnikami czasów” – mówił cytując Cypriana Kamila Norwida.

„Oparli się pokusie odsuwania pytania o prawdę na dalszy plan. Dla nich głód dostatniego i wygodnego życia nie okazał się mocniejszy od głodu prawdy” – dodał. Według bp Guzdka śmierć ofiar katastrofy pod Smoleńskiem „przyczyniła się do odkrycia przez wielu kruchości ludzkiego życia, ale i perspektywy wieczności”. „Już od 13 dni uczymy się ich nieobecności, jesteśmy jednak pewni, że w naszych sercach pozostaną na zawsze jako wzór zawierzenia Bogu i umiłowania prawdy nawet za cenę życia” – stwierdził kaznodzieja.

Janusz Kurtyka zostanie pochowany w Alei Zasłużonych Cmentarza Rakowickiego w Krakowie. Miał 50 lat. 10 kwietnia zginął na pokładzie prezydenckiego samolotu, którym polska delegacja leciała na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej.

W latach 2000-2005 Janusz Kurtyka był dyrektorem i organizatorem oddziału Instytutu Pamięci Narodowej w Krakowie, w grudniu 2005 r. został zaprzysiężony na prezesa IPN. W kwietniu 2009 r. prezydent Lech Kaczyński odznaczył Kurtykę Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski. 16 kwietnia 2010 został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski. Był żonaty, miał dwóch synów.