Sprzeciw Kościołów budzą dwa umieszczone tam zapisy. Pierwszy z nich definiuje ludzkie życie od chwili narodzin, a nie poczęcia, co otwiera furtkę dla ewentualnej legalizacji aborcji. Drugi natomiast utrzymuje w mocy działalność cywilnych trybunałów muzułmańskich, która zdaniem kenijskich chrześcijan narusza prawa wyznawców innych religii, niż islam.

Przedstawiciele Kościołów bezskutecznie zabiegali o zmianę tych zapisów, jednak rząd uniemożliwił dyskusję na ten temat, sugerując wykrętnie, że poprawek można dokonać już po uchwaleniu nowej ustawy zasadniczej. Krajowa Rada Kościołów Kenii uznała takie postępowanie za nieszczere, wobec czego nie pozostaje nic innego, jak zachęcić wyborców do głosowania na „nie”. Decyzja ta jednak nie ma charakteru formalnego, a część środowisk chrześcijańskich jest podzielona w sprawie projektu konstytucji.