Doszło do tego po upadku komunizmu, 6 grudnia 1990 r. Od tego czasu wszyscy prezydenci Bułgarii spotykali się z Papieżem, a Watykan, z którym nawiązano współpracę na różnych szczeblach, odwiedzają corocznie delegacje państwowo-kościelne.

Kontakty te jednak mają starsze korzenie, datujące się od IX wieku, kiedy to po bezowocnych rozmowach z Bizancjum w sprawie przyznania samodzielności Kościołowi bułgarskiemu, car Borys I w 886 roku zwraca się do Мikołaja I, kierując do niego 106 pytań dotyczących podstaw wiary. Odpowiadając na nie, Papież wysyła do Bułgarii dwóch biskupów.

Następnym symbolicznym wydarzeniem w kontaktach ze Stolicą Apostolską stała się wizyta św. Metodego, brata św. Cyryla, który przekonał papieża Jana VIII, że Słowianom też przysługuje prawo sprawowania liturgii we własnym języku.

Rok 1925 okazał się przełomowy dla rozwoju współczesnych stosunków między państwem bułgarskim a Stolicą Apostolską. Wtedy do Bułgarii zostaje wysłany delegat apostolski abp Angelo Roncalli, przyszły papież Jan XXIII, zwany we Włoszech „bułgarskim papieżem”. Stosunki te zostają przerwane w 1949 r., mimo że kontakty i wymiana kulturalna utrzymały się. Każdego roku delegacja bułgarska jest przyjmowana na uroczystość śś. Cyryla i Metodego w Watykanie. Bułgarscy badacze mają regularny dostęp do tajnego Archiwum Watykańskiego, gdzie z biegiem czasu zostały odnalezione jedne z najcenniejszych dla bułgarskiej kultury manuskrypty.

W 1975 r. odbyło się spotkanie pierwszego sekretarza Bułgarskiej Partii Komunistycznej i prezydenta Bułgarskiej Republiki Ludowej, Todora Żiwkowa, z papieżem Pawłem VI. Było to pierwsze w bułgarskiej historii spotkanie państwowego przywódcy z głową Kościoła rzymskokatolickiego. W 5 lat później, 31 grudnia 1980 r., Jan Paweł II ogłosił Cyryla i Metodego współpatronami Europy razem ze św. Benedyktem.

W ostatnich 20 latach Bułgaria miała sześciu ambasadorów przy Watykanie. Ostatni z nich to Nikoła Kałudow. Przez ten czas Stolicę Apostolską reprezentowało w Sofii pięciu nuncjuszy. Ostatnim z nich jest Polak, abp Janusz Bolonek. W tym okresie doszło do wielu dwustronnych spotkań, wygłoszenia wykładów i przyznania doktoratów honoris causa. Ostatnio została podpisana umowa między kard. Raffaelem Fariną, archiwistą i bibliotekarzem Świętego Kościoła Rzymskiego a Uniwersytetem Sofijskim w sprawie dalszej współpracy i wizyt młodych bułgarskich naukowców w Bibliotece Watykańskiej.

W najnowszych czasach najważniejszym wydarzeniem w stosunkach między Bułgarią i Stolicą Apostolską nadal pozostaje historyczna wizyta Jana Pawła II w dniach 23-26 maja 2002 r. Wtedy ogłosił on błogosławionymi trzech katolickich księży: Kamena Wiczewa, Jozafata Sziszkowa i Pawła Dzidzewa, którzy zginęli wskutek represji państwa komunistycznego.

Podczas ostatniej wizyty w Watykanie bułgarski premier Bojko Borysow zaprosił Benedykta XVI do Bułgarii na rok 2012, w 10. rocznicę wizyty Jana Pawła II.

Bułgarski naród do dziś pamięta ciepłe słowa przyjaźni wypowiedziane w roku 1934 przez abp. Roncallego, późniejszego papieża Jana XXIII: „Jeżeli któryś z Bułgarów w trudnych kolejach życia będzie w nocy przechodził obok mojego domu, zawsze znajdzie na moim oknie zapaloną lampę. Niech zapuka, niech zapuka! Nie będzie pytany o to, czy jest katolikiem, czy prawosławnym: wystarczy, że jest bratem z Bułgarii. Niech wejdzie, a przyjmą go dwa braterskie ramiona i gorące serce przyjaciela”.