Urodził się w 1576 roku w Skoczowie. Kształcił się u jezuitów w Ołomuńcu, doktorat z filozofii uzyskał na uniwersytecie w Pradze, a z teologii w Grazu. W 1609 roku przyjął święcenia kapłańskie oraz podjął pracę jako wikariusz. W kilka lat później został proboszczem w Holeszowie, koło Ołomuńca. W ciągu jednego roku zdołał przywrócić Kościołowi katolickiemu 250 innowierców. 

W 1620 roku Jan uchronił Holeszów przed grabieżą i spaleniem, wychodząc procesjonalnie naprzeciw nadciągającym wojskom lisowczyków. Posądzony przez protestantów o ich sprowadzenie, 13 lutego 1620 roku został aresztowany, uwięziony i okrutnie torturowany. Zmarł w więzieniu 17 marca 1620 roku wskutek odniesionych ran. 

Papież Pius IX zaliczył Jana Sarkandra w poczet błogosławionych w roku 1859. Kanonizacji dokonał natomiast św. Jan Paweł II 22 maja 1995 roku w rodzinnej miejscowości Jana - w Skoczowie.

- I oto dzisiaj Jan Sarkander staje przed nami jako nowy święty męczennik, którego Kościół wpisuje do swego Martyrologium - mówił Jan Paweł II w Skoczowie w 1995 roku. - Wpisuje Go w sposób szczególny Kościół w Czechach i na Morawach oraz Kościół w Polsce. Oto jeszcze jeden z tych, o których mówi dzisiejsza liturgia słowami św. Pawła: "Nosimy nieustannie w ciele naszym konanie Jezusa, aby życie Jezusa objawiło się w naszym ciele".