Przez ponad 20 lat hierarchia był poddawany nie tylko restrykcjom, ale i ścisłemu nadzorowi, nie wolno mu było np. korzystać z telefonu. Władze starały się uniemożliwić mu pełnienie obowiązków duszpasterskich. Większość dóbr lokalnego Kościoła została skonfiskowana.

Wywierana na niego presja przyczyniła się do pogarszania stanu jego zdrowia. W ostatnich kilku latach był poważnie chory i rzadko uczestniczył w zebraniach Konferencji Episkopatu Wietnamu.

Urodzony 2 grudnia 1930 r. Emmanuel Lê Phong Thuân w wieku 8 lat wstąpił do niższego seminarium duchownego w Cù Lao Giêng. Naukę kontynuował w Phnom Penh w Kambodży i Sajgonie, gdzie odbył studia filozoficzne i teologiczne w wyższym seminarium św. Józefa. W 1960 r. przyjął święcenia kapłańskie. W latach 1964-70 studiował w Niemczech, uzyskując doktorat z prawa kanonicznego. Po powrocie do kraju wykładał w seminarium duchownym. W 1975 r. został mianowany biskupem koadiutorem diecezji Cân Tho. Rządy w diecezji jako jej ordynariusz objął w 1990 r.