Krypta powstała być może już w XV wieku. Od początku przeznaczona była do pochówku zakonników. Tu spoczął m.in. o. Augustyn Kordecki, bohaterski obrońca klasztoru z czasów potopu szwedzkiego. Nisz wykutych w skale jest tam 36: „Jest to ściana, gdzie są poziome wnęki, do których wkładano ciało zmarłego zakonnika i zamurowywano umieszczając odpowiednią inskrypcję” – wyjaśnił o. Stanisław Rudziński.

Tradycyjnie w Dzień Zaduszny w krypcie zakonnicy odprawiają Msze św. w intencji zmarłych współbraci i pielgrzymów. Ołtarz ustawiony jest w miejscu, gdzie niegdyś składano w urnach prochy mnichów. Paulini, żyjący według surowej reguły św. Augustyna, jeszcze do ubiegłego wieku zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych.

W jasnogórskich kryptach, których z pewnością jest kilkanaście, chowani byli nie tylko zakonnicy, ale także inne osoby, zasłużone dla sanktuarium. Niedawno odkryto np. cztery, niezwykle rzadko spotykane w Polsce, pochówki osób świeckich w trumnach nazywanych dłubankami.