Według przyjętego projektu, sprawy związane z roszczeniami byłyby rozpatrywane na zwykłych zasadach, na drodze sądowej.

Podmioty kościelne, państwowe, samorządowe czy prywatne, będące uczestnikami postępowań prowadzonych dotychczas na podstawie przepisów o Komisji Majątkowej w sprawach, w których nie zapadło jeszcze orzeczenie komisji, miałyby sześć miesięcy na wystąpienie o podjęcie zawieszonego postępowania sądowego, a jeżeli nie było ono wszczęte - na wystąpienie do sądu o zasądzenie roszczenia.

Projekt zakłada też, że do 31 stycznia 2011 r. Komisja przedstawi szefowi MSWiA (ministrowi właściwemu do spraw wyznań religijnych oraz mniejszości narodowych i etnicznych - PAP) oraz Sekretariatowi Konferencji Episkopatu Polski, Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu Rzeczypospolitej Polskiej i Konferencji Episkopatu Polski sprawozdanie ze swojej działalności. 

Decyzje dotyczące zwrotu majątków Kościołom i zwiazkom wyznaniowym będą "autonomicznymi decyzjami państwa" - zapowiedział  we wtorek premier Donald Tusk.

"Zaproponowałem, abyśmy przyjęli zasadę, że skoro co do istoty sprawy uzgodniono stanowiska państwa i Kościoła, nie będziemy proponowali żadnej odrębnej umowy między państwem a Kościołem i będziemy zmierzali do tego, aby decyzje dotyczące Kościołów w Polsce - jeśli są decyzjami o charakterze ustawy - żeby to jednak były autonomiczne decyzje państwa polskiego" - powiedział Tusk po posiedzeniu Rady Ministrów.

"Od czasu, kiedy powstał mój rząd, Komisja majątkowa zajmuje się przede wszystkim wyjaśnianiem tego, co do tej pory zrobiono, a nie rozstrzygnięciami na rzecz Kościoła" - zaznaczył.

"Szczególną hipokryzją" nazwał zarzuty SLD dotyczące działania Komisji majątkowej, ponieważ - jak powiedział - "wstępne informacje, które spływają, pokazują bardzo wyraźnie, że polska lewica jest najbardziej odpowiedzialna za to, w jakim kształcie to funkcjonowało i jakie decyzje to ciało podejmowało".