Ks. Maciel został w maju 2006 r. zawieszony przez Stolicę Apostolską w sprawowaniu publicznych czynności kapłańskich, po oskarżeniach o molestowanie seksualne nieletnich. Po jego śmierci wyszło na jaw, że utrzymywał stosunki z kobietami i miał dzieci nieślubne. Molestował też kleryków i był toksykomanem.

Postanowiono, że w domach zgromadzenia nie można umieszczać fotografii jego założyciela zarówno jego samego, jak i w obecności Ojca Świętego. Zaniechane zostaną także obchody jego urodzin, chrztu, imienin i rocznicy święceń kapłańskich. Natomiast rocznica śmierci, 30 stycznia ma być dniem poświęconym szczególnie na modlitwę. Zapiski osobiste założyciela Legionistów Chrystusa, jego konferencje zostaną wycofane z wydawnictw i ośrodków zgromadzenia. Jego członkowie, jeśli sobie tego życzą mogą zgodnie z ustalonymi normami posiadać prywatnie jego zdjęcia, czytać jego pisma czy też wysłuchiwać jego konferencji. „Nie ma też przeszkód, aby treść tych pism była wykorzystywana w kaznodziejstwie” – stwierdza dekret przełożonego Legionistów Chrystusa. 


Od 15 lipca 2009 r. do marca 2010 Stolica Apostolska przeprowadziła wizytację apostolską Legionistów Chrystusa, w związku idealizowaniem w tym zgromadzeniu osoby założyciela. W imieniu papieża przeprowadzili ją: w Meksyku i Ameryce Środkowej ordynariusz meksykańskiej diecezji Tepic, bp Ricardo Watty Urquidi; abp Charles Joseph Chaput z Denver w - Stanach Zjednoczonych i Kanadzie; włoskiemu biskupowi Giuseppe Versaldiemu zlecona została wizytacja we Włoszech, Izraelu, Korei i na Filipinach; chilijski arcybiskup Ricardo Ezzati Andrello przeprowadził wizytację w Ameryce Południowej, a Hiszpan, bp Ricardo Blázquez Pérez, w Europie z wyłączeniem Włoch. 

W ciągu ośmiu miesięcy biskupi rozmawiali indywidualnie z każdym z ponad tysiąca członków zgromadzenia, poznając opinie dotyczące stanu życia wspólnotowego oraz pracy apostolskiej. Zebrali też opinie wielu biskupów diecezjalnych, gdzie pracują Legioniści Chrystusa. Spotkali się też z wieloma członkami ruchu „Regnum Christi”. 1 maja Ojciec Święty zapoznał się z wynikami wizytacji a 9 lipca swym delegatem – komisarzem mianował kard. Velasio De Paolis.