U progu II wojny światowej ruch komunistyczny w Polsce był niemal całkowicie rozbity. Działacze Komunistycznej Partii Polski decyzją Stalina zostali wymordowani. Nieliczni przeżyli w Paryżu, który był jednym z najważniejszych ośrodków ruchu komunistycznego, lub za sprawą uwięzienia w murach polskich więzień. Po ataku Niemiec nieliczni, przebywający na wolności, nie znając prawdziwych celów paktu Ribbentrop-Mołotow, zgłaszali się na ochotnika do "walki z faszyzmem". Pod okupacją niemiecką pozostali na całkowitym marginesie podziemnego życia politycznego. Nieliczni tworzyli niewielkie grupki, m.in. komitet wydający gazetkę "Młotem i Sierpem".

Polskojęzyczni komuniści na Kresach z nadzieją przyjęli sowiecką inwazję z 17 września 1939 r. "Było to zgodne z naszymi przewidywaniami, było uwieńczeniem rewolucyjnej walki wyzwoleńczej narodów białoruskiego i ukraińskiego - uciskanych przez rządy burżuazji polskiej" - wspominał jeden z działaczy dawnej KPP. Część z nich włączyła się do budowania nowego, sowieckiego porządku społecznego. Funkcjonariusze sowieccy patrzyli na ich starania z dużą dozą nieufności. Przyszły współtwórca Polskiej Partii Robotniczej Alfred Lampe z żalem pytał: "Dlaczego nas nie zauważają?". Część aktywistów była tak rozczarowana, że szukała pracy w głębi ZSRS. To uratowało ich przed śmiercią w pierwszych tygodniach po ataku III Rzeszy, gdy komunistów ścigali Niemcy lub miejscowa ludność, która w ciągu minionych dwóch lat doświadczyła "dobrodziejstw" wyznawanej przez nich ideologii.

Starcie dwóch lewicowych totalitaryzmów zmieniło wszystkie założenia propagandy i polityki ZSRS. Już pierwszego dnia sekretarz generalny Międzynarodówki Komunistycznej Georgi Dymitrow we wstępnej instrukcji dla swojej organizacji stwierdzał: "O naszych działaniach decyduje to, co pomaga Związkowi Sowieckiemu i przyspiesza rozgromienie faszyzmu. Rozgromienie faszyzmu leży w interesie wszystkich narodów". Wkrótce sprecyzowano, że celem komunistów w czasie wojny nie jest głoszenie haseł ideologicznych, lecz toczenie walki "narodowowyzwoleńczej". Rzeczywistym celem Kremla było sprowokowanie w Europie działań podziemia przeciw Niemcom, które odciągałyby ich potencjał z frontu wschodniego. W Polsce zwolenników natychmiastowego podjęcia walki w interesie ZSRS niemal nie było. Na warszawskich ulicach popularny był dowcip o "smarowaniu masłem torów", aby niemieckie transporty szybciej zmierzały w głąb ZSRS. Do wsparcia "ojczyzny światowego proletariatu wzywało m.in. marginalne Stowarzyszenie Przyjaciół ZSRR. "Róbmy, jak nam dyktuje miłość do Związku Sowieckiego!" - pisano w odezwie.

"Będzie lepiej założyć Polską Partię Robotniczą z komunistycznym programem. Partia komunistyczna odstrasza nie tylko obcych, lecz także niektórych z tych, którzy z nami sympatyzują" - stwierdził Stalin w rozmowie z Dymitrowem pod koniec sierpnia 1941 r. Część polskojęzycznych komunistów przyjęła te założenia z rozpaczą, większość z czasem doceniła geniusz Stalina i ponowne zastosowanie przez ZSRS taktyki "maskirowki". W kolejnych tygodniach tworzono ogólnikowy program PPR. Krytykowano rządy obozu piłsudczykowskiego i zapowiadano głębokie reformy społeczne w duchu "sprawiedliwości społecznej". Najwięcej miejsca poświęcono jednak wezwaniom do podjęcia natychmiastowej walki z Niemcami.

Późnym latem 1941 r. przystąpiono do przygotowań do zrzucenia do okupowanej Polski niewielkiej grupki działaczy komunistów, którzy mieli nawiązać kontakty z tamtejszymi grupkami komunistów i stworzyć partię oraz jej zbrojną przybudówkę. Polskojęzycznych komunistów szkolono w kilku ośrodkach wokół Moskwy kontrolowanych przez NKWD. Prowadzono szkolenia ideologiczne, techniczne i wojskowe. Polskojęzyczni komuniści sprawiali swoim sowieckim "wychowawcom" problemy z powodu nadmiernego przywiązania do dogmatów komunizmu. Deklarowali wolę natychmiastowego realizowania programu sowietyzacji Polski. Dymitrow i inni przedstawiciele Kominternu musieli im tłumaczyć, że "mądrość etapu" nakazuje rezygnację z komunistycznego radykalizmu. O ich religijnym stosunku do Związku Sowieckiego wiele mówi list jednego z członków PPR, Anastazego Kowalczyka, do swojej konkubiny. Nakazywał jej wychowanie ich syna na gorącego sowieckiego patriotę: "Jego małe serduszko bije z radości na widok Czerwonej Armii. [] Marysiu! Kultywuj w nim ten entuzjazm do naszej wielkiej Ojczyzny, do naszej Kochanej Armii i Maryś, nie zapominaj w nim wyrabiać uczucia miłości do kierownika - Partii. Lut jest naszym synem - synem partyjniaków" [pisownia oryginalna - przyp. PAP].

26 września 1941 r. z lotniska w Wiaźmie wystartował samolot z grupą inicjatywną PPR. "Po puszczeniu motorów w ruch zaczęliśmy na pożegnanie naszej ojczyzny śpiewać pieśń +Sziroka strana maja radnaja+" - wspominał wytypowany na przywódcę partii Marceli Nowotko. Jego marzenie o rozpoczęciu budowy sowieckiej Polski skończyło się po kilkudziesięciu sekundach. Samolot rozbił się tuż po starcie. Zginął jeden z członków przyszłej partii. Kilku odniosło rany. Dla Nowotki była to już druga tego rodzaju porażka w życiu. W 1920 r. był członkiem tworzonych przez bolszewików Polrewkomów.

Udany początek misji Nowotki i jego towarzyszy to 27 grudnia 1941 r. Nie wiadomo, dlaczego zwlekano z przerzutem aż trzy miesiące. Być może decydowała o tym fatalna sytuacja na froncie. Dopiero około połowy grudnia stało się jasne, że Niemcy nie zdobędą Moskwy. W nowej grupie inicjatywnej znaleźli się: Nowotko, Paweł (Pinkus) Finder, Bolesław Mołojec, Pinkus Kartin, Czesław Skoniecki i Maria Rutkiewicz. Większość z nich zginęła w ciągu kilku kolejnych miesięcy, głównie z rąk Niemców lub w ramach wewnętrznych porachunków.

Po kilku godzinach lotu grupa inicjatywna wylądowała na spadochronach w Wiązownej koło Warszawy. W czasie lądowania Nowotko odniósł poważną kontuzję nogi, która wyeliminowała go z aktywnej działalności na następnych kilka miesięcy. Zgubiono radiostację polową. Przez kilka miesięcy działacze PPR nie mieli kontaktu z Moskwą, która nie miała pewności, czy jej nowa agentura nie została aresztowana przez Niemców lub zlikwidowana przez Polskie Państwo Podziemne. Po dotarciu do Warszawy członkowie grupy skontaktowali się z działaczami KPP, m.in. z Teodorem Duraczem, adwokatem broniącym przed polskimi sądami działaczy i terrorystów komunistycznych. Był on również agentem sowieckim. Wspólnie z nim "inicjatorzy" przystąpili do odtwarzania dawnych kontaktów z działaczami KPP. Do tworzącej się partii dołączyły wspomniane wcześniej grupki komunistów, choć część z nich uważała PPR za odległą od ideałów komunistycznych i spoglądała na jej działania z nieufnością. Mimo wszystko większość z nich uznała prymat Kremla i Kominternu i 5 stycznia 1942 r. powołała pod przywództwem Pawła Findera Polską Partię Robotniczą. Na spotkaniu założycielskim nie było Nowotki, który stanął na czele partii. Obrady z 5 stycznia 1942 r. w historiografii PRL były uznawane za jeden z elementów mitu założycielskiego systemu komunistycznego. Kolejnym ważnym krokiem w budowie agentury było utworzenie w marcu 1942 r. zbrojnego ramienia formacji - Gwardii Ludowej pod dowództwem Bolesława Mołojca.

W kolejnych miesiącach niepokój Moskwy budziła nie tylko słabość nowej organizacji i niemal całkowity brak dla niej poparcia społecznego, ale również gwałtowne walki frakcyjne wewnątrz dopiero rodzącej się podporządkowanej Kremlowi partii komunistycznej. 28 listopada 1942 r. niedaleko stołecznego Dworca Zachodniego został zastrzelony Marceli Nowotko. Towarzyszący mu Mołojec twierdził, że miał on zginąć z ręki nieznanych zabójców, według niego, członków AK. O zgonie Nowotki powiadomiono Moskwę, a władzę w PPR objął Mołojec, wkrótce zastrzelony przez Janka Krasickiego. Był to wynik przekonania współtowarzyszy o zaangażowaniu nowego szefa w zamach na życie poprzedniego. Później uśmiercono również brata Bolesława Mołojca, Zygmunta. PPR-em kierować zaczął Paweł Finder, a Gwardią Ludową - Franciszek Jóźwiak.

Nigdy całkowicie nie wyjaśniono okoliczności zgonu Nowotki. W ocenie historyka IPN dr. Roberta Spałka, autora monografii na temat walk wewnętrznych w elicie środowiska komunistycznego w Polsce, zginął on w ramach wewnątrzpartyjnych porachunków między frakcjami w kierownictwie PPR. W pierwszej połowie lat pięćdziesiątych mord ten stał się jednym z pretekstów do wysuwania oskarżeń wobec Władysława Gomułki i Mariana Spychalskiego podczas śledztw prowadzonych przez Departament X Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego.

Polskie Państwo Podziemne i rząd RP były stosunkowo dobrze poinformowane o działalności agentury komunistycznej. W tajnych dokumentach określano je jako akcję "K". "Działalność sowiecko-komunistyczna wykorzystuje uczucia patriotyczne i prądy radykalne, pogłębia anarchię życia polskiego w warunkach okupacji i oddziałuje na psychikę mas" - pisał w raporcie dla rządu RP komendant główny Armii Krajowej gen. Stefan Rowecki "Grot" w kwietniu 1942 r. Postulował obserwację rozwijającej się agentury, rządowi w Londynie zalecał zażądanie od władz sowieckich zaprzestania działalności podważającej legalność podziemnych władz RP. Zdaniem wielu historyków błędem Polskiego Państwa Podziemnego była rezygnacja z podjęcia radykalnej rozprawy z sowiecką agenturą. "Późniejsza cena za to zaniechanie była bardzo wysoka, ponieważ komuniści cały czas rozpracowywali struktury AK. Działacze GL i AL zostali później wysokimi funkcjonariuszami UB i budowali zręby Polski Ludowej. Ważniejsze jednak od prób oceny zaniechań AK jest obecnie zrozumienie, czym była PPR i jaką rolę spełniła w legitymizacji rządów komunistycznych oraz działalności przeciwko niepodległości Polski" - stwierdził w rozmowie z PAP dr Piotr Gontarczyk z IPN, autor książki "Polska Partia Robotnicza. Droga do władzy 1941-1944".