Uroczystości rozpoczęły się Mszą św. Zebranych gości przywitał kard. Franciszek Macharski, arcybiskup senior krakowski. Obrzędu poświęcenia dokonał kard. Joachim Meisner, arcybiskup metropolita Kolonii, który w czasie homilii podkreślił, że Bóg w swoim miłosierdziu poszukuje człowieka i znajduje go zawsze tak, jak w czasie nazistowskiej zawieruchy odnalazł On żydowską agnostyczkę, która stała się karmelitańskim świadkiem Chrystusa. Wspomniał także poświęcenie sanktuarium łagiewnickiego przez Jana Pawła II, który zwrócił świat ku Bożemu Miłosierdziu. – To miejsce jest szczególnie naznaczone – zaznaczył. Dodał, że autentycznym wyrazem zawierzenia Bożemu Miłosierdziu jest postawa pojednania i droga pokoju, która prowadzi przez trudne doświadczenia historyczne. Symbolem tej postawy jest Kaplica Krzyża Świętego jako znak polsko-niemieckiego pojednania.

W centrum kaplicy znajduje się ołtarz i wielki krzyż z koroną cierniową Chrystusa w miejscu przecięcia belek. W pobliżu umieszczono brązową rzeźbę karmelitanki Siostry Teresy Benedykty od Krzyża (Edyty Stein), która przy swoim sercu, jak tarczę, trzyma ciało Chrystusa. Głęboko symboliczne i harmonizujące z już wymienionymi elementami wystroju tej części są pozostałe – krzyż ołtarzowy w kształcie znaku Tau oraz świeczniki.

Na bocznych ścianach kaplicy zawieszono drogę krzyżową, która w piętnastu odlanych z brązu płaskorzeźbach opowiada mękę i zmartwychwstanie Jezusa. Obrazy te przywołują postaci wiary i historię prześladowań Kościoła wczoraj i dziś. Matkę Bożą przedstawiono w postaci Matki Teresy z Kalkuty, a rolę Szymona Cyrenejczyka przejął skazany przez nazistowski reżim męczennik Karl Leisner. Świadkami drogi Zbawiciela są także m.in. Siostra Faustyna, Jan Paweł II i kard. Joachim Meisner, arcybiskup Kolonii, który ufundował wystrój kaplicy.

Autorem dekoracji jest wybitny rzeźbiarz i grafik niemiecki – Bert Gerresheim.

Uroczystości zakończyły się dedykowanym kard. Joachimowi Meisnerowi koncertem, którego program skupiony był wokół tematu cierpienia, przebaczenia i miłosierdzia – głównych idei Kaplicy Krzyża Świętego. „Muzyka dzisiejszego popołudnia ma nas przeprowadzić od słów wiszącego na krzyżu i przebaczającego Chrystusa, poprzez cierpienie i boleść Jego Matki, do tego, co było najważniejszym celem umierającego Boga - o zbawienia człowieka, który ufając w Boże miłosierdzie woła: Bóg jest miłością” – mówił prowadzący koncert prezydent Międzynarodowej Federacji Pueri Cantores ks. prałat Robert Tyrała. Wykonawcami koncertu był chór i muzycy Akademii Muzycznej w Krakowie oraz Kantorei Sankt Barbara pod dyrekcją Wiesława Delimata.