​Jego umęczone ciało przetrwało nie tylko ostrza Kozaków i profanacje bolszewików, ale ocalało także pośród zniszczeń Starówki warszawskiej w czasie II wojny światowej i stalinowskiej polityki w PRL. Integralne relikwie św. Andrzeja Boboli po 361 latach od śmierci można adorować w przezroczystej trumnie w sanktuarium na Mokotowie.