Kto naprawdę powinien zapłacić?

Z chwilą wejścia w życie ustawy komisja przejęła wszystkie sprawy o zwrot mienia zgłaszane przez Kościół. Początkowo zakładano, że procedura zwracania majątków przebiegać będzie spokojnie, na mocy ugody między Kościołem a dotychczasowymi właścicielami bądź użytkownikami majątku. W praktyce jednak często dochodziło do ostrych sporów. Szczególnie że w wielu przypadkach nie brano pod uwagę opinii lokalnych społeczności przeciwnych oddawaniu Kościołowi budynków szkół, przedszkoli, domów dziecka, czy szpitali. Niektórzy członkowie komisji formalnie reprezentujący państwo dbali przy tym bardziej o interes Kościoła niż obywateli. Prasa wielokrotnie opisywała przypadki kontrowersyjnych decyzji rządowo-kościelnej komisji. W Ostrołęce Kościół odzyskał ziemię pod dworcem PKS. Ojciec Tadeusz Rydzyk dostał w Toruniu budynek, w którym mieściło się technikum samochodowe. W Łomży Kościół przejął budynek Wojewódzkiego Domu Kultury. Komisja nie oglądała się przy tym na kosztowne inwestycje, jakie w ostatnich latach tam poczyniono. W Gdańsku komisja przyznała zakonnicom budynek przedszkola po zlikwidowanym w 1966 r. zakonie służebnic, a w Krakowie zakon sług Jezusa dostał budynek domu dziecka. Kościół zażądał też prawie 3/4 terenu Fromborka z zabudowaniami. Z części wniosków wprawdzie się wycofano, ale Kościół dostał m.in. Wzgórze Katedralne z pomnikiem Kopernika, planetarium, szkołą, domem PTTK i szpitalem psychiatrycznym. Instytucje, które dotąd mieściły się w budynkach przekazywanych Kościołowi, nierzadko musiały się wynosić, albo kończyły działalność w wyniku wysokich czynszów, jakich życzył sobie nowy właściciel. Emocje potęgowała pazerność niektórych hierarchów, którzy domagali się zwrotu majątku odebranego nawet kilkaset lat temu, co było sprzeczne z ustawą. Przykładem był spór o budynek Muzeum Narodowego w Gdańsku, który należał do Kościoła 450 lat temu. Siostry norbertanki z Krakowa domagały się odzyskania gruntu z XII w., Zakon Misjonarzy domagał się niektórych budynków Uniwersytetu Warszawskiego. Krakowskie wizytki zgłaszały natomiast roszczenia do kawałka kopca Kościuszki. Działalność Komisji Majątkowej wzbudzała tyle zastrzeżeń, że w 1996 r. w Sejmie pojawił się nawet wniosek o powołanie sejmowej komisji śledczej, która by ją zbadała. Barbara Labuda - wówczas posłanka, a obecnie minister w Kancelarii Prezydenta - przekonywała wówczas, że zwrot majątków kościelnych to jedyny rodzaj reprywatyzacji, w której pokrzywdzeni są zwykli ludzie. Za przykład podawała budynek szkoły medycznej z Torunia oddany Kościołowi wbrew protestom rodziców, dzieci i dyrekcji szkoły. Podawano wtedy, że Kościół przejął nieruchomości 18 przedszkoli, 26 domów opieki społecznej, 25 szkół, 14 szpitali i 12 ośrodków zdrowia. Kościół jednak gwałtownie zaprotestował przeciwko komisji śledczej, a sejmowa prawica uwaliła wniosek. Nie udało się też przeforsować w Sejmie ustawy zastępującej postępowanie regulacyjne normalnym postępowaniem sądowym.