Kamień węgielny pod odbudowę i rozbudowę kościoła Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny w Warszawie wmurował Prymas Polski kard. Józef Glemp.
Właśnie tu w 1925 roku wstąpiła do Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia s. Faustyna Kowalska, zaś w czasie stanu wojennego kościół przy Żytniej był miejscem wielu niezależnych inicjatyw artystycznych. - Współczesny świat potrzebuje miłosierdzia - mówił podczas uroczystości kard. Glemp. Z ubolewaniem mówił o współczesnych plagach: nienawiści wiodącej do terroryzmu, o samobójstwach i nędzy. W fundamenty rozbudowywanego kościoła wmurowano cztery kamienie, związane symbolicznie z dziejami parafii. Są to: kamień z Wojuty na Wołyniu - miejsca narodzin błogosławionego abpa Zygmunta Szczęsnego Felińskiego; kamień z Głogowca - miejsca narodzin św. Faustyny; kamień z Zuzeli - miejsca narodzin kard. Stefana Wyszyńskiego oraz kamień z Katedry Warszawskiej. Abp Zygmunt Szczęsny Feliński, będąc arcybiskupem Warszawy, w roku 1862 zakupił posiadłość między ul. Żelazną a Wronią i tu sprowadził założone przez siebie w Petersburgu Zgromadzenie Sióstr Rodziny Marii oraz przybyłe z Francji Zgromadzenie Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, które powstało dla opieki nad moralnie zaniedbanymi dziewczętami i kobietami. W czasie okupacji kościół znalazł się tuż przy murach getta, dlatego też był miejscem ucieczki i pomocy dla ludności żydowskiej, szczególnie młodzieży. W sierpniu 1944 r. kościół i inne budynki spłonęły, a większość sióstr i wychowanek wywieziono do obozu koncentracyjnego. W okresie powojennym władze komunistyczne przez wiele lat nie pozwalały odbudować kaplicy i zakładu Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. 15 grudnia 1980 r. erygował parafię pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego i przydzielił jej byłą kaplicę sióstr Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia jako kościół parafialny. Pierwszym proboszczem parafii został ks. Wojciech Czarnowski, który zosrganizował przy kościele ośrodek dla bezdomnych. W okresie stanu wojennego Żytnia stała się miejscem spotkań dla działaczy podziemia oraz wielu wydarzeń artystycznych. Od 1997 roku proboszczem parafii jest ks. Tadeusz Polak. Kościół Miłosierdzia Bożego i Świętej Faustyny był do niedawna jedynym obiektem sakralnym w Warszawie, który nie został odbudowany ze zniszczeń wojennych. Jednak podjęte przez obecnego proboszcza działania renowacyjne wywołał gorący spór. Z jednej strony padały oskarżenia o dewastację cennego zabytku powstania warszawskiego, a z drugiej - o czczenie totalitaryzmu, lekceważenie potrzeb parafii i arogancję wobec kościelnej tradycji. Ks. proboszcz Polak podkreśla, że przyczyną rozbudowy kościoła jest rozwój parafii. Od kilku lat przyjmuje bowiem funkcję sanktuarium Miłosierdzia Bożego i świętej Faustyny zaś zwiększona liczba pielgrzymów wymaga powiększenia świątyni.
W niektórych przypadkach pracownik może odmówić pracy w święta.
Poinformował o tym dyrektor Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej, Matteo Bruni.