Łzy ocierał i na krzyż wskazywał

Pod opieką siostry szarytki o. Bernard leczył się parę dni w klasztorze, potem został przewieziony do szpitala. Choroba, początkowo lekka, rozwijała się jednak i niszczyła organizm. S. Helena Kasińska radziła wzmocnić serce, jednak nie zdecydowano się na ten krok z powodu braku lekarza. Ostatnie dni życia o. Bernarda dobrze zapamiętał młody pasjonista, o. Jan Wszędyrówny, który podczas wojny był jego wychowankiem. Odwiedzał chorego w szpitalu, udzielał mu Komunii św. O. Bernard czuł się coraz gorzej fizycznie, choć duchowo był mocny. Kiedy zaś stan pogorszył się, do Przasnysza przyjechał wiceprowincjał, o. Juliusz Dzidowski i udzielił mu sakramentu namaszczenia chorych. Wyczuwało się atmosferę przygnębienia, gdyż odchodził, jak powszechnie sądzono, wartościowy i tak potrzebny kapłan i zakonnik. Gdy umierał 2 lipca 1945 roku, powtarzał słowa: "Jezu, kocham Cię". Tak relacjonuje śmierć o. Bernarda jej świadek, o. Jan Wszędyrówny: "Klęczałem koło niego i płakałem. W pewnej chwili odezwałem się do niego: - Ojcze Bernardzie, ja chciałbym umrzeć za ciebie, abyś ty żył, ponieważ jesteś lepszy, potrzebniejszy Zgromadzeniu”. I wtedy wyszły słowa zdradzające człowieka Bożego: - Co to znaczy, że ja bym chciał? Lepsze to, co Bóg chce”. Potem nastąpiła agonia. O. Bernard Kryszkiewicz umarł w szpitalu, rano dnia 2 lipca 1945 roku. Po paru dniach modlitw przy trumnie odbył się uroczysty pogrzeb ojca Bernarda Kryszkiewicza. Trumnę z ciałem, obłożoną białymi liliami, pochowano w podziemiach kościoła pasjonistów w Przasnyszu.

W 1972 roku bp Bogdan Sikorski pozwolił na rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego o. Bernarda. W 1989 roku przeniesiono jego doczesne szczątki i złożono w sarkofagu w kruchcie kościoła. 11 maja 1991 roku podpisano dekret zamknięcia procesu informacyjnego w diecezji płockiej. W czerwcu 2010 roku przekazano do Polski poprawione i ukończone tzw. Positio - dokument ten przekazany został do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych i opublikowany 2012 roku.

Credo postawy o. Bernarda w cierpieniu i w kapłaństwie, w służbie w zakonie pasjonistów dobrze wyrażają jego słowa: "Odkąd rozpocząłem swe posłannictwo kapłańskie na tej ziemi, coraz wyraźniej wyczuwam, jak potężny jest jęk boleści, jaki każdego dnia wzbija się z tego wygnania ku niebu; a przecież objąć całkowicie jego ogromu nie zdążę nawet do śmierci. I dlatego też lubię mówić o cierpieniu. Lubię, bo przecież Chrystus tak dużo poświęcił na ocieranie łez wyciskanych bólem; kapłan zaś, będąc Jego zastępcą na ziemi, powinien też iść Jego śladami".