Instytut Myśli Jan Pawła II, który ma powstać w Warszawie, działać będzie we współpracy z pracownikami naukowymi Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego.
Według zamierzeń prezydenta stolicy Lecha Kaczyńskiego placówka ma być zlokalizowana w odbudowanym Pałacu Saskim na placu Piłsudskiego, gdzie w 1979 i 1999 r. Jan Paweł II odprawiał Msze św. podczas swych pielgrzymek do Ojczyzny. To tam 2 czerwca 1979 r. wypowiedział historyczne już słowa: "Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi, tej ziemi". Po śmierci Ojca Świętego kilkaset tysięcy ludzi przyszło na ten właśnie plac, by oddać hołd Papieżowi. Inicjatywa powołania Instytutu zrodziła się jeszcze za życia Jana Pawła II. Jednak po raz pierwszy publicznie mówił o niej prezydent Lech Kaczyński dopiero w drugiej połowie kwietnia. Placówka zajmowałaby się badaniem spuścizny po Karolu Wojtyle. Instytut ma być finansowany z budżetu miasta. Nie są jeszcze znane szczegóły działalności i konkretna data powstania Instytutu. Wiadomo jedynie, że odbudowany Pałac Saski ujrzy światło dzienne nie wcześniej niż w 2007 r. Dlatego Instytut, o ile powstałby wcześniej, musiałby tymczasowo znaleźć inną siedzibę. Pytany o rolę jaką miałby odegrać w pracach Instytutu Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego, rzecznik prasowy uczelni Hubert Jerzy Kaczmarski poinformował KAI, że "sprawa Centrum Myśli Jana Pawła II na placu Piłsudskiego nie przybrała jeszcze konkretnego wymiaru, ale uniwersytet jest bardzo otwarty na wszelkie działanie w tym względzie, podobnie jak i poszczególni pracownicy uniwersytetu". Dodał, że "w przeddzień pogrzebu Papieża odbyło się uroczyste posiedzenie Senatu UKSW, podczas którego mówiono o potrzebie pogłębionego studium myśli Jana Pawła II i zaangażowania się uniwersytetu w to dzieło". O uczczeniu Jana Pawła II w Warszawie też zdecydowali stołeczni radni. W przyjętej 4 kwietnia uchwale członkowie Rady miasta stołecznego Warszawy zobowiązali do prezydenta stolicy do rozpisania konkursu na "koncepcję i wynikającą z niej formę" upamiętnienia pierwszej pielgrzymki Papieża do Ojczyzny. Po rozstrzygnięciu konkursu prezydent Kaczyński będzie musiał przedstawić Radzie Warszawy "propozycję upamiętnienia" tamtej pamiętnej pielgrzymki. W przyjętym tego samego dnia stanowisku radni podkreślili, że inicjatywa uczczenia Jana Pawła II na placu Piłsudskiego wyszła od samych warszawiaków. "Z ogromną radością witamy inicjatywę mieszkańców Warszawy, aby godnie upamiętnić miejsce ołtarza papieskiego z roku 1979 na obecnym placu Marszałka Józefa Piłsudskiego. W tym właśnie miejscu blisko dwadzieścia sześć lat temu padły prorocze słowa: «Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi, tej ziemi!». Wyrażamy przekonanie, że możliwe jest aby najpóźniej w 27. rocznicę wyboru Papieża Jana Pawła II - 16 października 2005 r. - można było upamiętnić to doniosłe wydarzenie" - czytamy w stanowisku podpisanym przez Jana Marię Jackowskiego, przewodniczącego Rady miasta stołecznego Warszawy. Władze stolicy chcą też założyć fundusz stypendialny im. Jana Pawła II z rocznym budżetem sięgającym 5 mln zł. Jego zadaniem byłaby pomoc uczniom i studentom z rodzin niezamożnych.
W kościołach ustawiane są choinki, ale nie ma szopek czy żłóbka.