W IPN znajdują się szokujące dokumenty. Wynika z nich, że ks. prof. Michał Czajkowski przez ponad 20 lat był agentem bezpieki. Ksiądz zaprzecza i przeprasza - pisze na pierwszej stronie Życie Warszawy opatrując tekst wielkim zdjęciem duchownego.
Z notatki majora mgr. M[ariana] Bedki z 28 maja 1976 przepisałem jeden fragment: „Tajny współpracownik do współpracy z organami SB jest chętny. Z uwagi na miejsce jego pracy możliwości docierania do interesujących nas spraw są ograniczone. Przedsięwzięcie: – Wspólnie z Dep. IV spowodować zmianę miejsca pracy t.w. i jej charakteru, co spowoduje wzrost jego możliwości”. Jesienią tegoż roku ks. Michał Czajkowski zaczyna prowadzić zajęcia na ATK i instalować się w Warszawie. Bunt Fausta Dokumenty dotyczące współpracy ks. Czajkowskiego z Departamentem IV MSW podczas jego pobytu w Warszawie znajdują się w tomach III i IV materiałów przejętych przez IPN. W odróżnieniu od tomów I i II nie ma tu wielu informacji przygotowanych przez „Jankowskiego” w formie pisemnej. Najczęściej są to informacje „ze słów źródła”, notatki ze spotkań i stenogramy zapisów magnetofonowych. Ciężar zainteresowania ze strony MSW przesuwa się tu wyraźnie w stronę opozycji politycznej poza Kościołem. Rok 1976 obfitował przecież w protesty robotnicze. We wrześniu zawiązał się Komitet Obrony Robotników. Jednym z zadań, które zlecił „Jankowskiemu” oficer prowadzący St[anisław] Nowak było zinfiltrowanie KOR-u. Poprzez środowisko Klubu Inteligencji Katolickiej i Lasek, w szczególności przez Lidię Wosiek, szybko udało się tajnemu współpracownikowi zbliżyć do rodziny Jacka Kuronia i Jana Józefa Lipskiego. Strzał był tak celny, że w niedługim czasie sprawą zainteresował się osobiście [wtedy jeszcze] major Adam Pietruszka i przejął tajnego współpracownika. Dzięki temu władze PRL dowiadywały się o kolejnych posunięciach Komitetu i środowisk opozycji skupionych wokół KIK co najmniej z kilkugodzinnym wyprzedzeniem. Nie znaczy to, że „Jankowski” zaniedbywał obowiązki duszpasterza i eksperta w kwestiach natury teologicznej. Przeciwnie. Nadal komentował najważniejsze wydarzenia z życia Kościoła w sobie właściwy sposób. 26 października 1978 r., a więc wkrótce po wyborze Karola Wojtyły na papieża, Adam Pietruszka zanotował: „T.w. ps. »Jankowski« telefonicznie przekazał mi wiadomość, że w środowisku kadry profesorskiej na ATK krąży dowcip związany w wyborem papieża z kraju socjalistycznego, oto jego treść: »Obecny papież Jan Paweł II ma powrócić do Polski za pięć lat, z chwilą jego przybycia powita go premier, mówiąc – dziękujemy Wam, kapitanie Wojtyła«.
W niektórych przypadkach pracownik może odmówić pracy w święta.
Poinformował o tym dyrektor Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej, Matteo Bruni.