Benedykt XVI modlił się w Kalwarii Zebrzydowskiej za Jana Pawła II zgodnie z życzeniem Papieża-Polaka, który prosił o modlitwę w tym sanktuarium "za życia swego i po śmierci".
Idąc za przykładem swojego poprzednika, Benedykt XVI prosił też o modlitwę za siebie i cały Kościół. Wizyta w sanktuarium, zaplanowana na ok. 15 minut, znacznie się wydłużyła. W sanktuarium, Papieża przywitali: prowincjał franciszkanów o. Czesław Gniecki, przeor klasztoru w Kalwarii Zebrzydowskiej o. Damian Muskus i burmistrz Kalwarii Augustyn Ormanty. Przed kaplicą Matki Bożej Kalwaryjskiej, gdzie Benedykt XVI udał się na krótką modlitwę, witał się jeszcze z kard. Marianem Jaworskim, biskupem Janem Szkodoniem i abp. Szczepanem Wesołym. Zatrzymał się także, by powitać siostry zakonne. W kaplicy Matki Bożej Kalwaryjskiej Ojciec Święty modlił się przez chwilę w skupieniu. Przy dźwięku fanfar odsłonięto cudowny obraz. Papież ofiarował Matce Bożej różaniec, który osobiście zaniósł przed obraz. Następnie wpisał się do Księgi Pamiątkowej. Potem Papież udał się do pustej bazyliki Matki Bożej Anielskiej, a stamtąd do klasztoru franciszkanów, gdzie spędził dłuższą chwilę. Zakonnicy podarowali Ojcu Świętemu kopię cudownego obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej. Franciszkanie mieli też okazję zrobić sobie wspólne zdjęcie z Papieżem. Następnie Ojca Świętego powitał oficjalnie w sanktuarium kard. Stanisław Dziwisz, przypominając, że właśnie w tym miejscu Jan Paweł II prosił o modlitwę w swojej intencji. Metropolita krakowski wyraził też wdzięczność, że obecny Papież dołączył do grona tysięcy wiernych, którzy zanoszą tu modlitwy za Papieża-Polaka, szczególnie w intencji jego beatyfikacji i kanonizacji. Wyraził też nadzieję, że Matka Boża Kalwaryjska otoczy opieką obecnego Papieża, będzie dla niego orędowniczką i wspomożycielką w kierowaniu Kościołem Chrystusowym Wierni powitali Benedykta XVI w języku polskim i niemieckim. Wołali na przemian: "Kochamy ciebie!" i "Wir lieben dich!". W przemówieniu do franciszkanów opiekujących się sanktuarium oraz zgromadzonych wiernych, Benedykt XVI po polsku prosił o modlitwę za siebie i cały Kościół. Uczynił to wzorem Jana Pawła II. Dodał, że zgodnie z życzeniem swojego poprzednika, modlił się w jego intencji w kaplicy Matki Bożej. Jego słowa spotkały się z entuzjastycznym przyjęciem wiernych. Po krótkiej konsultacji z kard. Dziwiszem, Papież powiedział jeszcze jedno zdanie po włosku. "Mam nadzieję, jak wasz kard. Stanisław, że w niedługiej przyszłości będziemy się cieszyć beatyfikacją i kanonizacją Jana Pawła II". Jego słowa przetłumaczył na język polski nuncjusz apostolski w Polsce abp Józef Kowalczyk. Zgromadzeni nagrodzili sowa Ojca Świętego brawami i okrzykami "Dziękujemy!" Wizyta w sanktuarium miała potrwać zaledwie 15 minut, lecz przedłużyła się do pół godziny. Wierni gromadzili się w sanktuarium od rana. Oczekując na Papieża wzięli udział w Mszy św., której przewodniczył bp Jan Szkodoń. W sektorach zgromadziło się ok. 10 tys. osób, wśród nich byli kapłani, którzy spowiadali chętnych do przyjęcia sakramentu pokuty. Przed Mszą św. odmówiono modlitwę różańcową. Pielgrzymi śpiewali pieśni maryjne, ćwiczyli też okrzyki, którymi powitali Ojca Świętego. "On mówi do nas po polsku, będzie mu miło, gdy usłyszy coś od nas też w swoim ojczystym języku" - mówił do zgromadzonych młody franciszkanin. To była druga wizyta Benedykta XVI w Kalwarii Zebrzydowskiej. Po raz pierwszy przybył tu jako kard. Joseph Ratzinger w 1988 roku.
Na placu Żłobka przed bazyliką Narodzenia nie było tradycyjnej choinki ani świątecznych dekoracji.