Sposób likwidacji Funduszu Kościelnego określi na długo stosunki między rządem a wszystkimi związkami wyznaniowymi w Polsce. Wbrew pozorom problem nie dotyczy bowiem tylko treści przepisów prawnych. Przyjęta przez rząd procedura uchwalenia stosownej ustawy będzie tak naprawdę sprawdzianem, czy istnieje wola traktowania podmiotów kościelnych jako partnerów, czy zwycięży pokusa narzucania im arbitralnych rozstrzygnięć. Niepokój o takie rozwiązanie powstał po tym, gdy opinia publiczna dowiedziała się o piśmie wiceministra Piotra Kołodziejczyka, który odpowiadając na interpelację posłanki Marii Nowak (PiS), stwierdził, że likwidacja Funduszu Kościelnego nie wymaga podpisywania dwustronnej umowy z przedstawicielami Kościoła.