Usunięty ze wszystkich urzędów, został doktorem Kościoła

Jan przyszedł na świat w 1542 r. w pobliżu miasta Ávila, w Hiszpanii. Warunki w domu były bardzo trudne, szczególnie po śmierci ojca. Z powodu biedy Jan został oddany do przytułku. Potem pracował w szpitalu, by następnie próbować różnych zawodów. W roku 1563 wstąpił do karmelitów w Medinie i wtedy obrał sobie imię Jan od św. Macieja. W zakonie napotkał na znaczne rozluźnienie. Dlatego gdy składał śluby, czynił to z myślą o profesji według dawnej reguły. Miał wtedy 21 lat. 

Jan spotkał się w swoim życiu ze św. Teresą z Ávila, która już podjęła się dzieła reformy zakonu karmelitanek. Te dwie bratnie dusze zrozumiały się i postanowiły wytężyć siły dla reformy obu rodzin karmelitańskich. Święta Teresa namówiła pewnego szlachcica, żeby ofiarował dom na założenie pierwszego domu reformy w Duruelo. Tam św. Jan przeniósł się z dwoma przyjaciółmi, których pozyskał dla reformy, a następnie wszyscy złożyli ślub zachowania pierwotnej reguły. Jan przybrał sobie wówczas imię Jana od Krzyża. 

Mówi o. Stanisław Tasiemski, dominikanin. 

Gdy wśród zakonników pojawiło się stronnictwo przeciwne ostrej regule, św. Jan został usunięty ze wszystkich urzędów i jako zwykły zakonnik zakończył niebawem życie w klasztorze w Ubedzie 14 grudnia 1591 r. w wieku zaledwie 49 lat. 

Święty Jan od Krzyża najbardziej stał się sławny dzięki swoim pismom. Było ich znacznie więcej, ale spalono je zaraz po śmierci w obawie, by nie dostały się w ręce wrogów zakonu jako materiał przeciwko reformie. Pozostały 22 dzieła, które dla mistyki chrześcijańskiej mają wprost bezcenną wartość. Najbardziej znane to: „Noc ciemna” i „Pieśń duchowa”. Są one perłą w światowej literaturze mistyki. 

Jan został beatyfikowany w 1591, a kanonizowany w 1726 roku. Pius XI ogłosił go doktorem Kościoła w 1926 roku. Jest patronem karmelitów bosych. 

W ikonografii św. Jan od Krzyża przedstawiany jest w habicie karmelitańskim. Jego atrybutami są: otwarta księga, krucyfiks, lilia, orzeł u jego stóp.