Przeniesienie relikwii św. Pio

Translację poprzedziła ekshumacja, a następnie wystawienie na widok publiczny ciała włoskiego zakonnika od kwietnia 2008 do września 2009 roku. Już wtedy zapowiedziano, że będzie on pochowany pod ołtarzem dolnego kościoła bazyliki (ołtarz w górnym kościele konsekrował w czerwcu ubiegłego roku sam Benedykt XVI). Przeciwnicy tej inicjatywy, którzy wcześniej na drodze sądowej próbowali przeszkodzić wystawieniu sarkofagu ojca Pio na widok publiczny, rozpuścili pogłoski, jakoby do ozdoby krypty użyto 120 kilogramów złota. Opiekujący się sanktuarium kapucyni zaprzeczyli tym doniesieniom, mówiąc o trzech kilogramach złota, pochodzących z ofiar wiernych (obrączek, pierścionków itp.). Autorem projektu wystroju dolnego kościoła bazyliki pod wezwaniem św. Ojca Pio z Pietrelciny jest słoweński jezuita, Marko Ivan Rupnik, któremu Jan Paweł II powierzył przebudowę kaplicy Redemptoris Mater w Watykanie.