Wkładali ręce do jego ran, nękali przesłuchaniami i oskarżali o fałszywą świętość – to pomówienia, jakie od dekad rzucane są pod adresem Kościoła, który miał „bezdusznie rozeznawać sprawę o. Pio”. Faktem jest, że Święte Oficjum 2 czerwca 1922 roku obłożyło o. Pio zakazem udzielania błogosławieństwa, prowadzenia korespondencji, pokazywania stygmatów. Nakazało odprawiać Msze św. prywatnie oraz przenieść zakonnika z klasztoru w San Giovanni Rotondo. Rok później Pius XI podpisał oświadczenie, w którym Kościół nie stwierdził nadprzyrodzonego pochodzenia noszonych od ponad 10 lat stygmatów kapucyna. Rok 1931 przyniósł jeszcze ostrzejsze rozporządzenia: zakaz pełnienia funkcji kapłańskich.


Luigi Peroni, biograf ojca Pio, komentuje dziś z sarkazmem tamte decyzje, twierdząc,że w takim razie uzdrowienia, nawrócenia ateistów, proroctwa i bilokacje kapucyna Kościół „przypisał jego zdolnościom dyplomatycznym”.


Nieufność, z jaką Stolica Apostolska traktowała początkowo o. Pio, jest często przedstawiana jako wrogość. Jak bardzo niesprawiedliwe są te oceny, dowodzi wydana właśnie w Polsce publikacja „Ojciec Pio i Święte Oficjum. Odtajnione archiwa Watykanu”. Jej autor, Francesco Castelli, zrekonstruował fakty na podstawie watykańskich dokumentów.