Amerykanin następcą kard. Ratzingera

W latach 1999-2000 był także administratorem apostolskim diecezji Santa Rosa a w tymże 2000 r. został mianowany współprzewodniczącym ze strony katolickiej Dialogu Anglikańsko-Rzymskokatolickiego w USA (ARC-USA). Od listopada tegoż roku jest członkiem Kongregacji Nauki Wiary. Od listopada 2003 przewodniczy Komitetowi Episkopatu USA ds. Nauki. Jest ponadto wielkim przeorem Północnozachodniego Przełożeństwa Zakonu Rycerskiego Świętego Grobu Jerozolimskiego i kapelanem konwentualnym Zachodniego Stowarzyszenia (USA) Zakonu Maltańskiego. Jest też członkiem komisji mieszanej ds. norm podstawowych na rzecz ochrony dzieci i młodych ludzi oraz nt. zadań katolików w życiu politycznym. Kongregacja Nauki Wiary jest pierwszym i najważniejszym urzędem watykańskim, czuwającym nad czystością wiary i moralności katolickiej. Jest spadkobierczynią utworzonej w 1542 przez Pawła III Komisji Kardynałów, z której następnie wyłoniła się Święta Rzymska i Powszechna Inkwizycja. Była ona sądem kościelnym, badającym sprawy herezji i schizmy w Kościele, po czym Paweł IV w 1555 rozszerzył jej misję o sprawy związane z moralnością. W 1571 św. Pius V powołał do życia Kongregację ds. Reformy Indeksu Ksiąg Zakazanych, która przejęła część kompetencji Inkwizycji. Sykstus V, właściwy twórca Kurii Rzymskiej, ponownie powierzył w 1588 Inkwizycji całość spraw dotyczących wprost lub pośrednio wiary i moralności katolickiej. W 1908 św. Pius X zreorganizował Kurię, m.in. zmieniając cieszącą się nie najlepszą sławą nazwę Kongregacji Świętej Inkwizycji na Kongregację Świętego Oficjum, a w 1917 Benedykt XV zniósł Kongregację Indeksu, przekazując jej zadania nowemu urzędowi. W 1965 Paweł VI ponownie zreformował Kurię Rzymską i skasował Święte Oficjum, tworząc na jego miejsce istniejącą do dzisiaj Kongregację Nauki Wiary. Potwierdził to Jan Paweł II w ramach swojej reformy kurialnej, uściślając jednocześnie zadania tej dykasterii. Obecnie w ramach Kongregacji istnieją trzy urzędy: Doktrynalny, Dyscyplinarny i Małżeński, ponadto przy dykasterii działają Papieska Komisja Biblijna i Międzynarodowa Komisja Teologiczna - obie pod przewodnictwem prefekta.