Jedną z głównych form obecności Kościoła w japońskim społeczeństwie jest szkolnictwo. Przykładem tego jest prowadzony przez jezuitów w Tokio prestiżowy Uniwersytet Sophia. Jak mówi pracujący tam ks. Javier Garralda SJ, jednym ze sposobów na szerzenie Ewangelii są wykłady dotyczące źródeł zachodniej cywilizacji. Studenci poznają chrześcijańskie wartości, etykę i filozofię, próbując to zastosować do własnego życia.
Zdaniem ks. Garraldy takie podejście jest odpowiedzią na sekularyzację, której doświadczyło w ostatnich dziesięcioleciach japońskie społeczeństwo.
Studenci nie interesują się za bardzo religią. Wpłynął na to m.in. zamach na tokijskie metro zorganizowany w 1995 r. przez pewną sektę. Ludzie odwrócili się od religii. Teraz już powracają, ale zewzględów czysto egoistycznych. Tęsknią za pokojem w sercu, chcą, aby ich życie miało sens. Dlatego praktykują jogę, różne medytacje. To jeszcze nie jest religia, ale odżywają duchowe pragnienia. Ja staram się im pokazywać, że to nie jest droga, bo myślą tylko o sobie, o własnym pokoju, mentalnym komforcie. Tymczasem prawdziwy pokój i wytchnienie osiągną dopiero wtedy, gdy zaczną myśleć o innych, gdy będą ich kochać i wspierać, zwłaszcza ubogich. Tego starałem się ich uczyć na uniwersytecie.
W kościołach ustawiane są choinki, ale nie ma szopek czy żłóbka.