Drugiego dnia uroczystościom pogrzebowym przewodniczył abp Marek Jędraszewski, metropolita krakowski a homilię wygłosił abp Grzegorz Ryś, metropolita łódzki. Zmarły biskup został pochowany w krypcie biskupiej kościoła śś. Piotra i Pawła w Krakowie.
W krypcie krakowskiego kościoła Świętych Piotra i Pawła 6 września w jednym sarkofagu złożone zostały trzy urny z ziemią z miejsc spoczynku polskich matematyków i kryptologów: Mariana Rejewskiego, Jerzego Różyckiego i Henryka Zygalskiego.