W IPN znajdują się szokujące dokumenty. Wynika z nich, że ks. prof. Michał Czajkowski przez ponad 20 lat był agentem bezpieki. Ksiądz zaprzecza i przeprasza - pisze na pierwszej stronie Życie Warszawy opatrując tekst wielkim zdjęciem duchownego.
„Jankowski” był w tym czasie sukcesywnie prowadzony przez trzech różnych oficerów SB, którzy najwyraźniej nie znali zbyt dobrze jego wczesnych zasług. Wśród raportów majora Ludwika Dąbrowskiego z Wydz. I, Dep. IV MSW znajduje się na przykład notatka zawierająca takie zdania: „W dniu 25 IV br. dwukrotnie odbyłem na terenie Wrocławia spotkanie z t.w. »Jankowski«. Spotkanie odbyłem w hotelu Monopol i Grand. Konieczność dwóch spotkań wynikała z faktu przekazania mi przez t.w. »Jankowski« materiałów do wglądu i zwrotu. W czasie spotkania przekazałem »Jankowskiemu« 128 dolarów USD otrzymane z Dep. I, a należne mu z tytułu poprzedniej współpracy z zagranicą. Na przekazane dolary otrzymałem pokwitowanie podpisane pseudonimem, czego poprzednio »Jankowski« nie robił i jak twierdził poprzednio obsługujący go pracownik Dep. I, nie znał nawet swego pseudonimu”. Talent literacki „Jankowskiego” Nie sądzę, że nowo włączeni do sprawy oficerowie byli również w stanie właściwie ocenić talent literacki tajnego współpracownika. Tym, co przede wszystkim uderza w materiałach z tego okresu, jest stylistyczny kontrast między raportami oficerów SB a produktami pióra „Jankowskiego”. Major Dąbrowski ma co prawda w tym czasie poważne zastrzeżenia co do jego konfliktogennego sposobu obcowania z innymi duchownymi i obawia się, że t.w. może stracić zaufanie arcybiskupa Kominka, walory literackie dostarczanych doniesień nie dadzą się jednak zakwestionować. Przy sumienności, która sprawia, że „Jankowski” posłusznie wykonuje wszystkie zlecone mu zadania, ma on duże poczucie humoru i potrafi zdobyć się na dystans wobec siebie samego. Pisze mianowicie (w trzeciej osobie) o ks. Czajkowskim: „[…] Plan rezydencji, który podałem, był trochę niedokładny. Arcybiskup śpi w małym pokoju przed tym, co w planie nazwałem jego sypialnią. Co do skrytki pod oknem w gabinecie, sprawdziłem ją, była niezamknięta, niczego wartościowego ani tajnego, nawet pieniędzy, w niej nie znalazłem. Pieniądze i ewent. dokumenty umieszcza w niej czasem tylko. Zamknięcie jest zwykłe, proste, choć skrytka jest niezauważalna. Uważam, że gra niewarta świeczki, że nie warto się do tej skrytki dobierać. W biurku też chyba nie trzyma niczego ważnego, bo szuflady pozostają otwarte, nawet gdy wyjeżdża. Przed laty, gdy obawiał się rewizji, dał różne papierzyska do przechowania swemu kapelanowi ks. Pikulowi na kapelanię (tam mieszka obecnie Czajkowski). Te papierzyska znajdują się nadal w przechowaniu u Czajkowskiego. Przypadkowo obejrzałem je – nie ma wśród nich żadnych dokumentów, tylko trochę broszur antykomunistycznych i wycinków z prasy polonijnej antykomunistycznej. Jeśli potrzeba, mógłbym to Czajkowskiemu podwędzić” (Ag. doniesienie z datą 8.09.63 r.). W prezentowanych portretach kolegów zdecydowanie dominuje czarny kolor. W autoportrecie wyłaniającym się z mozaiki trzecioosobowych uwag znacznie trudniej dostrzec czerń:
W niektórych przypadkach pracownik może odmówić pracy w święta.
Poinformował o tym dyrektor Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej, Matteo Bruni.