Krakowski biskup pomocniczy złożył ją w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego.
O przyjęciu rezygnacji poinformowała Nuncjatura Apostolska w Polsce.
Jan Szkodoń urodził się 19 grudnia 1946 r. w Chyżnem. Szkołę podstawową ukończył w rodzinnej miejscowości w 1960 roku. Do liceum uczęszczał w Jabłonce. Po maturze, którą zdał w 1964 r., wstąpił do krakowskiego seminarium duchownego. Święcenia prezbiteratu otrzymał z rąk kard. Karola Wojtyły w Jabłonce 22 marca 1970 roku.
Po święceniach pracował przez 2 lata jako wikariusz w Makowie Podhalańskim, a następnie przez rok w parafii Matki Bożej Zwycięskiej w Krakowie-Borku Fałęckim. W latach 1973-1976 studiował na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, w Instytucie Pastoralnym (teologia i pedagogika rodziny). Studia ukończył doktoratem na podstawie pracy pt. "Nierozerwalność małżeństwa jako problem duszpasterski Kościoła w Polsce w latach 1946-1970)".
Po powrocie z KUL pracował w kurii jako sekretarz Synodu Archidiecezji Krakowskiej. Prowadził też wykłady na Papieskim Wydziale Teologicznym (później Papieska Akademia Teologiczna, obecnie Uniwersytet Papieski Jana Pawła II) z teologii pastoralnej i z teologii życia wewnętrznego.
W 1979 r. został mianowany ojcem duchownym w krakowskim seminarium duchownym. Zastąpił ks. Stanisława Nowaka, który został rektorem. Posługę ojca duchownego łączył z prowadzeniem rekolekcji Ruchu Światło-Życie, Grup Apostolskich i rekolekcji parafialnych.
4 czerwca 1988 r. został konsekrowany na biskupa. Napisał wiele książek poświęconych rodzinie, kapłaństwu i życiu rodzinnemu.
Biskup Szkodoń przewodniczył Komisji Duszpastersko-Teologicznej "Pamięć i Troska", powołanej przez ówczesnego metropolitę krakowskiego kard. Stanisława Dziwisza w lutym 2006 r., by wypracować kryteria, według których należy oceniać postawy duchownych podejrzewanych o współpracę ze służbami bezpieczeństwa PRL.
Przypomnijmy, że działając na podstawie obowiązujących przepisów prawa kanonicznego, Stolica Apostolska - w następstwie formalnego zgłoszenia - przeprowadziła proces karno-administracyjny dotyczący rzekomego wykorzystania seksualnego osoby małoletniej przez bp. Szkodonia. "Po dokładnej analizie zebranych materiałów dowodowych i po przesłuchaniu powołanych świadków wina bp. Jana Szkodonia nie została udowodniona (non constat).W toku postępowania stwierdzono natomiast nierozważne zachowanie bp. Jana Szkodonia wobec małoletniej, polegające na przyjmowaniu jej w prywatnym mieszkaniu bez obecności jej rodziców, pozostających od lat w znajomości z biskupem" - głosił komunikat Nuncjatury Apostolskiej w Polsce z 23 lipca ub. roku.
Biskupowi Szkodoniowi została wymierzona pokuta, polegająca na trzymiesięcznych rekolekcjach zamkniętych, poświęconych na refleksję i modlitwę, a akta procesu karno-administracyjnego zostały przekazane do Stolicy Apostolskiej.
W niektórych przypadkach pracownik może odmówić pracy w święta.
Poinformował o tym dyrektor Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej, Matteo Bruni.
Waszyngton zaoferował pomoc w usuwaniu szkód i ustalaniu okoliczności ataku.
Raport objął przypadki 79 kobiet i dziewcząt, w tym w wieku zaledwie siedmiu lat.