Ksiądz arcybiskup Stanisław Wielgus nie był tajnym współpracownikiem SB.
Sprawa jego oskarżenia o współpracę ze specsłużbami PRL została celowo
sprowokowana - twierdzi Nasz Dziennik.
Osobista nominacja Benedykta XVI
Nominacja ks. abp. Stanisława Wielgusa na metropolitę warszawskiego była osobistą decyzją Benedykta XVI. Wybór ten przygotowany był przez Ojca Świętego z najwyższą starannością. Nie jest prawdą twierdzenie, jakoby Papież nie znał przeszłości nowego metropolity warszawskiego.
Benedykt XVI dokładnie znał wszystkie okoliczności jego życia, również dotyczące kontaktów z SB. Wbrew temu, co zaczęto głosić w środkach przekazu, posiadał także wszelką niezbędną wiedzę o dotyczących ks. Wielgusa dokumentach IPN, o których informacje rozpowszechniały media. Dlatego też z całą świadomością Ojciec Święty powierzył księdzu arcybiskupowi misję pasterza archidiecezji warszawskiej. Fakt ten potwierdził również oficjalny komunikat Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej.
Wiadomość o nominacji dotarła do ówczesnego biskupa płockiego pod koniec października 2006 roku. Jednak ordynariusz płocki, który kilka miesięcy wcześniej przeszedł poważną operację, początkowo odmówił przyjęcia nominacji. Informując o tym nuncjusza apostolskiego, jako powód podał podeszły wiek oraz zły stan zdrowia. Trudno jednak nie dopatrzyć się w tym wielkiej pokory i dystansu do zaszczytów, zważywszy na fakt, iż nie była to pierwsza taka decyzja. W 1992 r. ks. Stanisław Wielgus odmówił przyjęcia godności biskupiej, gdy Jan Paweł II wyznaczył go na biskupa sandomierskiego. W 1999 r. nie chciał przyjąć godności biskupa płockiego. Uczynił to w duchu pokory i posłuszeństwa Ojcu Świętemu. W tym samym duchu przyjął nominację Papieża Benedykta XVI na stolicę biskupią w Warszawie.
Nie było dziełem przypadku, że Ojciec Święty w nim właśnie widział najgodniejszego następcę ks. kard. Stefana Wyszyńskiego i ks. kard. Józefa Glempa. Widział w nim wielką szansę nie tylko dla stolicy biskupiej w Warszawie, ale dla całego Kościoła w Polsce. Sam fakt, że zdecydował się na tę nominację nie tylko po opublikowanych przez media informacjach o znajdujących się w archiwach IPN dokumentach na temat kontaktów ks. Wielgusa z SB, ale również po oporach tegoż ostatniego wobec przyjęcia nominacji, mówi bardzo wiele. Benedykt XVI widział w nim wybitnego naukowca, wspaniałego wykładowcę, troskliwego wychowawcę i oddanego duszpasterza, który w swoim życiu i nauczaniu precyzyjnie oddzielał prawdę od fałszu i dobro od zła. Widział w nim wiernego syna Kościoła, który nie tylko nigdy Kościoła nie zdradził, ale którego osobowość gwarantowała, że za żadną cenę nie zdradzi go w przyszłości. Widział w nim wreszcie pokornego sługę Kościoła, który stronił od wszelkich luksusów, a w całym swoim życiu "dorobił się" zaledwie kilku tysięcy książek.
W bulli nominacyjnej ks. abp. Stanisława Wielgusa Ojciec Święty napisał: "Jako że poprzedni Pasterz tej wspólnoty archidiecezjalnej Czcigodny Mój Brat Józef Glemp, Kardynał Świętego Kościoła Rzymskiego, Prymas Polski, złożył dymisję z urzędu kierowania nią, zwracam Moją myśl ku Tobie, Czcigodny Bracie, który wykazałeś mądrość i doświadczenie w administracji, najpierw pełniąc funkcję Rektora Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, a następnie prowadząc gorliwie po ewangelicznych ścieżkach diecezję płocką. Usilnie zachęcam wszystkich kapłanów i wiernych umiłowanej owczarni warszawskiej, poinformowanych przez Ciebie o tej mojej decyzji, aby przyjęli Cię z otwartym sercem jako swojego Pasterza".