Został wybrany papieżem w 535 r. i natychmiast zajął się porządkowaniem spraw kościelnych

Agapit urodził się w Rzymie. Pochodził z arystokratycznego i bogatego rodu Anicjuszów, był synem Gordiana, rzymskiego prezbitera, zamordowanego przez zwolenników antypapieża Wawrzyńca.