Abp Stanisław Dziwisz został mianowany przez papieża Benedykta XVI arcybiskupem metropolitą krakowskim.
Podczas uroczystej Mszy, Jan Paweł II zwrócił się w homilii do nowego biskupa: "Mija 35 lat od chwili, kiedy w katedrze na Wawelu udzieliłem ci, drogi Księże Stanisławie święceń kapłańskich, a po trzech latach mianowałem cię moim kapelanem. Od początku mojego pontyfikatu stoisz wiernie u mego boku jako sekretarz, dzieląc trudy i radości, niepokoje i nadzieje związane z posługą Piotrową. Dziś z radością wielbię Ducha Świętego, który przez moje ręce udziela ci sakry biskupiej". Herb bp. Dziwisza przedstawia gołębicę symbolizującą Ducha Świętego, sześcioramienną gwiazdę oraz wizerunek Giewontu z krzyżem. Jego zawołaniem biskupim są słowa "Sursum corda" (W górę serca). Jednocześnie Jan Paweł II powołał bp. Dziwisza na stanowisko prefekta pomocniczego Domu Papieskiego - instytucji odpowiedzialnej za organizowanie wszystkich spotkań publicznych i prywatnych papieża. 29 września 2003 r. Ojciec Święty wyniósł bp. Dziwisza do godności arcybiskupiej. Dyskretny Sekretarz Jan Pawła II rzadko wypowiadał się publicznie. Jedną z niewielu okazji do zabrania głosu było nadanie mu 13 maja 2001 r. doktoratu honorowego na KUL za "pełne oddania i odpowiedzialne pełnienie posługi sekretarza Ojca Świętego Jana Pawła II, przyczynienie się do upowszechnienia nauczania papieskiego, pomoc w kształceniu młodzieży z krajów postkomunistycznych". Wspominając dzień zamachu na Papieża bp Dziwisz wyraził przekonanie, "że krew przelana na placu św. Piotra (...) zaowocowała wiosną Kościoła roku 2000". W listopadzie 1999 r. przemówienie papieskiego sekretarza otworzyło 69. rok pracy Godziny Różańcowej Ojca Justyna, katolickiego programu radiowego dla Polonii w USA i Kanadzie, prowadzonego od 1931 r. przez franciszkanów. Zdarzalo sie, ze papieski sekretarz pisal wstepy do ksiazek. Tak bylo w 1998 r. z rozwazaniami ks. (obecnie bp.) Zygmunta Zimowskiego "Modlitwa - droga nawrócenia i sluzby" i w 2000 r. z polskim przekladem "Zmysłu religijnego" autorstwa założyciela Ruchu Komunia i Wyzwolenie ks. Luigi Giussaniego. W lipcu 2002 r. bp Dziwisz opowiedział dziennikarzom "La Stampa" i "Il Giornale" o przypadku chorego na raka Amerykanina żydowskiego pochodzenia, uzdrowionego po spotkaniu z Papieżem. Amerykanin pragnął przed śmiercią spotkać się z Ojcem Świętym. Doszło do tego w Castel Gandolfo, gdzie mężczyzna wziął udział w prywatnej Mszy św. sprawowanej przez Jana Pawła II i podczas niej przystąpił do Komunii św. Gdy po liturgii papieski sekretarz dowiedział się, że mężczyzna był wyznania mojżeszowego, delikatnie zwrócił mu uwagę, że wyznawcy innych religii nie mogą przyjmować tego sakramentu. Jakiś czas potem sekretarz Papieża dowiedział się, że "nowotwór zniknął bez śladu w ciągu kilku godzin". Bp Dziwisz, jak relacjonują Marco Tosatti i Andrea Tornielli, mówił nie o cudzie, lecz o "znaku, jak moc Boża przerasta wszelkie ludzkie schematy". Pomóc rodzinnym stronom Mimo obowiązków w Watykanie abp Dziwisz nie zapominał o swych rodzinnych stronach. W ostatnich latach wielokrotnie odwiedzał Kraków i Podhale. W maju 1998 r. przewodniczyl uroczystosciom ku czci sw. Stanislawa w Krakowie. Miesiac wczesniej reprezentowal Papieza na pogrzebie jego siostry ciotecznej, Felicji Wiadrowskiej.
W kościołach ustawiane są choinki, ale nie ma szopek czy żłóbka.