Ks. Czajkowski się przyznał i przeprasza

W 1976 roku ks. Czajkowski rozpoczął pracę na ATK w Warszawie. Co najmniej od 1978 r. oficerem prowadzącym "Jankowskiego" był płk Adam Pietruszka, zastępca naczelnika Wydziału I Departamentu IV, później skazany w procesie zabójców ks. Popiełuszki. W latach 1978 - 1984 Pietruszka spotykał się z "Jankowskim" co najmniej 73 razy. Znamienne jest, że z tych spotkań Pietruszka sporządzał notatki najczęściej odręcznie i w jednym egzemplarzu - do własnego użytku. To wysoce nieformalne prowadzenie agenta oraz treść rozmów wskazują, że traktował go jako swego rodzaju konsultanta w sprawach sytuacji w środowiskach inwigilowanych przez Departament IV MSW. Ks. Czajkowski z rozległymi kontaktami w kręgach kościelnych, ale także niezłymi w środowiskach opozycyjnych (KOR) dawał dużą wiedzę Pietruszce, który w resorcie współkreował politykę walki z Kościołem. Miły "pan Adam" Sposób prowadzenia "Jankowskiego" mógł sprawić‚ że ks. Czajkowski spotkania z Pietruszką uważał za nieszkodliwe. Dzisiaj mówi, że zdawał sobie sprawę‚ jaki resort reprezentuje "pan Adam", bo tak mu się przedstawiał. Spotkania zaś zapamiętał jako rozmowy z "inteligentnym partnerem". "Mówi‚ że - utożsamiając się z Kościołem i "Solidarnością"" - prezentował swemu rozmówcy argumenty na rzecz słuszności tez opozycji". Autorzy raportu podkreślają, że istnieją wątpliwości co do wiarygodności niektórych zapisów Pietruszki. Niekiedy rozmija się on z prawdą. Ale potwierdzają prawdziwość, w większości nieznanych powszechnie, relacji "Jankowskiego" na temat ks. Popiełuszki. W trakcie weryfikacji materiałów jedna informacja, dotycząca karetki oczekującej pod kościołem Stanisława Kostki na wypadek próby aresztowania księdza, okazała się bzdurą. Ks. Czajkowski twierdzi zaś, że nie miał o ks. Popiełuszce takiej wiedzy, jak wskazują dokumenty. Nie odwiedzał też chorej Grażyny Kuroń, co miał zlecić mu Pietruszka. Historia współpracy ks. Czajkowskiego zakończyła się 28 października 1984 r. Wstrząśnięty śmiercią ks. Popiełuszki oświadczył płk. Pietruszce - jego roli w zamordowaniu księdza jeszcze nie znał - że kończy spotkania i współpracę. "(...) Za śmierć brata w kapłaństwie nie może być u niego żadnego wybaczenia. To jest zbrodnia kainowa‚ której kapłan rozgrzeszyć nie może". W Gazecie Wyborczej czytamy m. in.: Miesięcznik "Więź" opublikował raport opisujący 24 lata tej współpracy Ks. prof. Michał Czajkowski, współprzewodniczący Polskiej Rady Chrześcijan i Żydów i asystent kościelny katolickiego miesięcznika "Więź", został oskarżony o współpracę z SB w maju. Na łamach "Życia Warszawy" ukazał się artykuł dr. Tadeusza Witkowskiego, który na podstawie materiałów IPN napisał, że ks. Czajkowski był tajnym współpracownikiem o pseudonimie "Jankowski". Niektóre gazety osądziły ks. Czajkowskiego, przypisując mu m.in. współudział w zabójstwie ks. Popiełuszki.