Wśród Żydów, którzy w latach drugiej wojny światowej padli ofiarą zagłady, wielkie znaczenie zarówno dla relacji chrześcijańsko-żydowskich, jak i polsko-żydowskich, do dziś zachowuje Janusz Korczak.
Cenił ówczesnych polskich socjalistów, takich jak Falska, za ich wrażliwość na krzywdę społeczną, ale rozwiązanie problemów widział inaczej niż oni: nie w walce klas, ale w wychowaniu człowieka. W Warszawie pracował razem z Falską w polskim sierocińcu „Nasz Dom”, ale ze względu na różnice w poglądach wycofał się stamtąd kilka lat przed wojną. Dbał o modlitwę w sierocińcu żydowskim. Pisze jego biografka Hanna Mortkowicz-Olczakowa, córka Jakuba Mortkowicza, wydawcy dzieł Korczaka: „Nie chciał pozwolić, żeby jego sieroty zaznały pustki i smutku świąt bez radości i zabawy: Chanuki bez świeczki, Purymu bez ziarnka maku, Pesach bez kawałka macy. Wychowując swe dzieci po polsku i po swojemu, sam ułożył dla nich codzienną modlitwę. I odtąd sto dwadzieścia sierot w domu na Krochmalnej trzy razy dziennie zwracało się do Boga pięknymi słowami Korczaka: «Błogosławionyś Ty, wiekuisty Boże nasz»”. Nie trzeba nawet dodawać, że ta formuła to typowe dla modlitwy judaistycznej błogosławieństwo. W obliczu narastającego w Europie antysemityzmu pisarz zwracał myśl ku Ziemi Świętej. W jego liście z 1933 r. czytamy: „Gdyby los zdarzył, że przyjechałbym do Palestyny, to nie do ludzi, a do tych myśli, które zrodziłyby się we mnie tam. Co mi powie góra Synaj, co Jordan, co jaskinia Machabeuszy, Tyberiada, grób Chrystusa, uniwersytet, potem dopiero może Purym w Tel-Awiwie, gaje pomarańczowe. I jak w tym oświetleniu przeżywałbym 2000 lat historii Europy, Polski i tułaczki Żydów”. Odbył dwie podróże do Palestyny – w 1934 i 1936 r. Przygotowywał się do nich, czytając też Nowy Testament oraz chrześcijańskie opracowania o Ewangeliach i Chrystusie. Na statku czytał na przemian Biblię i epopeje światowej literatury. Po powrocie pisał książkę o dzieciach Biblii. Polski oryginał zaginął, ale zachowało się w przekładzie na hebrajski opowiadanie o Mojżeszu. Obok Pisma Świętego wykorzystał w nim legendy rabinów. W latach 30. wygłaszał w Polskim Radiu powszechnie lubiane pogadanki pod tytułem: „Gadaninki Starego Doktora”. Na pewien czas zmuszony był je przerwać, ale potem powrócił na antenę i można go było słuchać jeszcze we wrześniu 1939 r., dopóki działało Polskie Radio. Podczas okupacji pozostał z żydowskimi sierotami i znalazł się z nimi w getcie warszawskim. Gdy polscy przyjaciele chcieli go z niego wyrwać, odmówił. Doceniając polską pomoc dla ludności getta, był nawet razem z innymi Żydami współtwórcą projektu pomnika wdzięczności „Tym, którzy za cenę życia…”. Pisał pamiętnik, w którym znajdujemy modlitwę wprost nieprawdopodobną jak na warunki, w jakich żył: „Dzięki Ci, dobry Boże, za łąkę i barwne zachody, za rześki wietrzyk zachodni po upalnym dniu znoju i mozołu. Dobry Boże, który wymyśliłeś tak mądrze, że kwiaty mają zapach, świętojanki świecą na ziemi, iskry gwiazd na niebie”. Z całych sił dbał o materialne i duchowe potrzeby wychowanków. W 1941 r. widziała się z nim w getcie Maria Czapska. Powiedział jej: „Mam cztery Ewangelie. W tej szkole przypadkiem na stosie przeróżnej makulatury znalazłem Listy Apostolskie. Panią proszę o litanię do Matki Boskiej, chcę bowiem ułożyć coś w tym rodzaju dla naszego użytku, jakąś błagalną inwokację. Dzieci muszą się modlić”. Prosił o „Litanię loretańską” zapewne ze względu na takie jej „żydowskie” wezwania, jak „Wieżo Dawidowa” czy „Arko Przymierza”. Kiedy latem 1942 r. hitlerowcy zarządzili transport mieszkańców sierocińca do obozu zagłady w Treblince, ruszył na czele 200 wychowanków na punkt przeładunkowy Umschlagplatz. Towarzyszyli mu inni wychowawcy. Został z sierotami do końca, choć chciano go ratować. Tak to opisał poległy w niespełna rok po nim żydowski poeta Władysław Szlengel: „Ktoś doleciał – papier miał w dłoni, coś tłumaczył i wrzeszczał nerwowo: Pan może wrócić... jest kartka od Brandta. Korczak niemo potrząsnął głową. Nawet wiele im nie tłumaczył, tym, co przyszli z łaską niemiecką, jakże włożyć w te głowy bezduszne co znaczy samo zostawić dziecko... Tyle lat... w tej wędrówce upartej, by w dłoń dziecka kulę dać słońca, jakże teraz zostawi strwożone, pójdzie z nimi... dalej... do końca”. Wymarsz z domu sierot znamy z relacji wielu świadków. Są podawane różne daty, najczęściej przyjmuje się 5 sierpnia. Do opisu tego wydarzenia najodpowiedniejsze są słowa poetów. Jerzy Ficowski w zbiorze „Odczytanie popiołów” (z 1983 r.) pisze:
W kilkuset kościołach w Polsce można bezgotówkowo złożyć ofiarę.
Na placu Żłobka przed bazyliką Narodzenia nie było tradycyjnej choinki ani świątecznych dekoracji.