Msza św. pogrzebowa z udziałem biskupów, licznych kapłanów oraz wiernych, którzy ks. Malińskiego znali i cenili, została odprawiona w kościele ss. wizytek. Następnie ks. Maliński został pochowany na cmentarzu na Salwatorze.
Na terenie kaplicy przy Cmentarzu Poległych w Bitwie Warszawskiej 1920 r. w uroczystość Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny została odprawiona uroczysta Msza św. pod przewodnictwem abp. Stanisława Gądeckiego, przewodniczącego KEP.