Powstało niedługo po jego męczeńskiej śmierci. W salach dolnego kościoła założył je ówczesny proboszcz, ksiądz prałat Teofil Bogucki. Znajdowały się tam pamiątki po księdzu Jerzym, których wiele pozostało na terenie parafii. W 2004 roku, staraniem kolejnego proboszcza, księdza Zygmunta Malackiego, muzeum otrzymało nowoczesną, multimedialną formę. W 9 salach muzealnych znajduje się kilka tysięcy eksponatów, w tym przedmioty osobiste księdza Jerzego, przedmioty związane z jego męczeńską śmiercią, zdjęcia, prezentacje filmowe i dźwiękowe.