Dwadzieścia lat temu, 20 października 1989 r., w Bazylice św. Piotra ks. prałat Józef Kowalczyk otrzymał z rąk Jana Pawła II sakrę biskupią oraz nominację na pierwszego po II wojnie światowej nuncjusza apostolskiego w Polsce.
Współkonsekratorami ks. prałata Kowalczyka byli kard. Edward Idris Cassidy i kard. Francesco Colasuonno (od 19 IV 1986 r. nuncjusz apostolski ds. poruczeń i przewodniczący delegacji Stolicy Apostolskiej do stałych kontaktów roboczych z rządem Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej). Wraz z nim sakrę biskupią otrzymali ks. Janusz Bolonek i ks. Edmund Farhat, skierowani do posługi nuncjusza apostolskiego, oraz ks. Tadeusz Kondrusiewicz jako ówczesny administrator apostolski diecezji mińskiej na Białorusi.
„Tobie, biskupie Józefie, zostało powierzone objęcie historycznej misji w Nuncjaturze Apostolskiej w Warszawie, jednej z pierwszych założonych przez Stolicę Piotrową. Przerwana – jak wiadomo – w bardzo smutnych okolicznościach pięćdziesiąt lat temu, ta misja zostaje dziś podjęta jako znak nadziei” – mówił podczas udzielania święceń biskupich Jan Paweł II.
Jako dewizę posługi biskupiej abp Kowalczyk wybrał słowa: „Fiat voluntas Tua” (Bądź wola Twoja). W liście dziękczynnym za udzielenie sakry, napisał: „Mam pełną świadomość zaufania, jakim zostałem obdarzony, oraz obowiązków, jakie przede mną stawia nowe powołanie w Kościele. Za przykładem Maryi, Matki Chrystusa i Matki Kościoła, odpowiadam na to wezwane słowem fiat – i Jej całą tę posługę zawierzam”. W herbie biskupim obok krzyża, pastorału i gwiazdy symbolizującej Maryję, abp Kowalczyk umieścił pług. Tym samym nawiązał do wiejskich korzeni (pochodzi z Jadownik Mokrych, leżących 30 km od Tarnowa).
Do Polski abp Józef Kowalczyk powrócił - po 24 latach studiów i pracy w Watykanie - 23 listopada 1989 r. W drodze z Rzymu do Ojczyzny towarzyszył nowemu nuncjuszowi abp Bronisław Dąbrowski, sekretarz generalny Konferencji Episkopatu Polski. Na lotnisku Okęcie abp. Kowalczyka powitał Prymas Polski kard. Józef Glemp. W przemówieniu powitalnym abp Kowalczyk zaznaczył, że ma świadomość tego, jaka przeszłość i jakie dziedzictwo jest związane z powierzoną mu posługą, a także wysiłków Episkopatu w kierunku normalizacji stosunków ze Stolicą Apostolską.
Jako główne zadania dla pierwszego po II wojnie światowej nuncjusza apostolskiego w Polsce Jan Paweł II wyznaczył uzgodnienie i podpisanie konkordatu oraz przeprowadzenie nowego podziału administracyjnego Kościoła w kraju.
Według zamysłu Jana Pawła II konsekracja biskupia nowego nuncjusza apostolskiego miała się odbyć 26 sierpnia 1989 r. w Castel Gandolfo, w kaplicy, w której znajduje się obraz Matki Bożej Częstochowskiej ofiarowany Piusowi XI przez Episkopat Polski. Papież miał już nawet przygotowaną homilię. Jednak do konsekracji 26 sierpnia nie doszło. W tym dniu została dopiero ogłoszona nominacja dla ks. prałata Józefa Kowalczyka. Jan Paweł II wyniósł go jednocześnie do godności arcybiskupa tytularnego Heraklei.
Arcybiskup Kowalczyk rozpoczął uroczyście misję apostolską w Polsce podczas Mszy św. w warszawskiej katedrze św. Jana Chrzciciela 26 listopada 1989 r. Listy uwierzytelniające nowy nuncjusz apostolski w Polsce złożył ówczesnemu prezydentowi Wojciechowi Jaruzelskiemu 6 grudnia 1989 r. w Warszawie.
Kolejne etapy swego życia i kapłańskiej posługi abp. Kowalczyk przedstawił w wydanej w ubiegłym roku książce „Świadectwo i służba. Rozmowy o życiu i Kościele”. Wywiad-rzekę z nuncjuszem przeprowadził ks. Rafał Markowski.
W kilkuset kościołach w Polsce można bezgotówkowo złożyć ofiarę.
Na placu Żłobka przed bazyliką Narodzenia nie było tradycyjnej choinki ani świątecznych dekoracji.