Abp Henryk Hoser biskupem warszawsko-praskim

W 1994 roku uczestniczył w Synodzie Specjalnym dla Afryki jako ekspert w dziedzinie rozwoju i problemów rodziny. W tym samym roku Jan Paweł II ustanowił go wizytatorem apostolskim w Rwandzie i krajach ościennych. W czasie wojny pomiędzy plemionami Hutu i Tutsi w kwietniu 1994 r. z Rwandy został zmuszony do wyjazdu nuncjusz apostolski. Ks. Hoser jako wizytator apostolski miał prawa nuncjusza: wizytował diecezje, mianował administratorów apostolskich na wakujące diecezje, pomagał biskupom i klerowi organizować na nowo pracę duszpasterską. Trzeba pamiętać, że wówczas zostało zabitych trzech biskupów, a czwarty wyjechał do Konga i nie mógł powrócić. Na 9 diecezji, 4 były zatem wakujące. Zadaniem ks. Hosera była wówczas pomoc Kościołowi lokalnemu w podniesieniu się z tragedii wojny domowej. Pod koniec 1994 r. obok ks. Hosera ustanowiono chargé d’affaire nuncjatury, którego rolą było śledzenie spraw społeczno-politycznych w Rwandzie, natomiast ks. Hosera - wyłącznie prowadzenie spraw duszpasterskich. W 1996 r. został wreszcie minowany nuncjusz apostolski – został nim również Polak, abp Juliusz Janusz. Ks. Hoser pozostał jeszcze przez kilka miesięcy w nuncjaturze jako doradca i współpracownik nuncjusza. Po zakończeniu misji wizytatora wyjechał z Rwandy. Komentując doniesienia o procesach rwandyjskich księży katolickich i zakonnic podkreślał, że zawierają one wiele znaków zapytania, a na karę więzienia obok zbrodniarzy byli skazywani również ludzie niewinni, co nosiło znamiona „procesu politycznego”. Po powrocie do Europy był przełożonym Regii Miłosierdzia Bożego pallotynów we Francji (w latach 1996-2003) i członkiem Rady Misyjnej Konferencji Wyższych Przełożonych Zakonnych w tym kraju. W tym czasie, z ramienia Kongregacji Ewangelizacji Narodów, kilkakrotnie wizytował seminaria duchowne w krajach misyjnych. W 1998 r. prowadził czterodniowe rekolekcje dla polskich biskupów na Jasnej Górze. Od roku 2004 był przełożonym pallotyńskiej prokury misyjnej w Brukseli i duszpasterzem w strukturach Wspólnoty Europejskiej. Duchowny współzałożył w 2001 r. Afrykańską Federację Akcji Rodzinnej i został jej sekretarzem. Opracował także, we współpracy z Georgetown University w Waszyngtonie, poszerzoną metodę laktacji LAM–9. 22 stycznia 2005 r. Jan Paweł II mianował ks. Henryka Hosera sekretarzem pomocniczym Kongregacji ds. Ewangelizacji Narodów oraz przewodniczącym Papieskich Dzieł Misyjnych. Nadał mu jednocześnie godność arcybiskupa tytularnego Tepelte. Warto zaznaczyć, że nominacja dla pallotyna została ogłoszona w uroczystość założyciela zakonu św. Wincentego Pallottiego, a ks. Hoser jest pierwszym polskim pallotynem, który został podniesiony do godności arcybiskupa. Sakrę biskupią przyjął w Rzymie 19 marca 2005 r.