Śledztwo niepoprawne politycznie

Jego zdaniem decyzje władz prokuratorskich skazywały na niepowodzenie ściganie rzeczywistych sprawców zbrodni, usytuowanych na szczytach komunistycznej władzy. Witkowski prosił o „zapewnienie prowadzącym śledztwo niezależności od wpływów partykularnych interesów grup nacisku”. Wśród polityków, do których skierował odezwę, byli m.in. Lech Kaczyński, wtedy świeżo wybrany prezes NIK, oraz Donald Tusk, wówczas przewodniczący Kongresu Liberalno-Demokratycznego. Jak pisze Witkowski w wydanej w 1993 r. książce pt. "Łaknąc sprawiedliwości", ze strony Tuska nie doczekał się żadnej reakcji na swój apel. Natomiast Lech Kaczyński zaprosił go na spotkanie, w czasie którego nie wykluczył, że przy Okrągłym Stole zapadły - zatajone przed nim - ustalenia dotyczące "praktycznego znaczenia terminu tzw. grubej kreski", leżące u podstaw trudności w prowadzeniu śledztwa. W apelu wystosowanym do polityków w 1991 r. Witkowski ujawniał, że w resorcie spraw wewnętrznych w okresie od 1981 do 1984 roku funkcjonowała organizacja przestępcza, która dokonywała zbrodni na terenie całej Polski, a zabójstwo ks. Jerzego Popiełuszki było jednym z najcięższych przestępstw, którego dopuścili się funkcjonariusze MSW. Witkowski wskazywał, że jego plan przewidujący postawienie zarzutów osobom z najwyższych kręgów peerelowskiej władzy uwikłanych w funkcjonowanie tej grupy, nie uzyskał akceptacji ze strony kierownictwa prokuratury. Przeciwnie, wbrew jego stanowisku wyłączono z akt głównych sprawy materiały przeciwko dwóm podejrzanym generałom - Władysławowi Ciastoniowi i Zenonowi Płatkowi. "Podejrzanym i ich obrońcom, pomimo mojego publicznego sprzeciwu, udostępniono w formie kserokopii, materiał dowodowy do zaznajomienia. Spowoduje to niepowodzenie nie tylko w dalszym postępowaniu wobec wskazanych podejrzanych (...), ale co ważniejsze, może zaważyć - przez zbyt wczesne ujawnienie dowodów i kierunków śledztwa - na skuteczność ścigania dalszych sprawców zbrodni" - alarmował Witkowski. Jego zdaniem, prokuratura powinna zebrać i przedstawić wszystkie okoliczności przestępczej działalności generałów, wszystkie dokumenty, które zgromadzono w aktach, i posadzić na ławie oskarżonych wszystkich mocodawców. Tylko taka taktyka miała szansę na sprawiedliwe osądzenie winnych. Witkowski proponował w tym celu powołanie specjalnego zespołu śledczego złożonego z prokuratorów, policjantów i funkcjonariuszy UOP, wyłączonego spod nadzoru administracyjnego departamentu prokuratury. Niestety, dalsze losy śledztwa potwierdziły nakreślony przez prok. Witkowskiego czarny scenariusz. Wyrwana z całego kontekstu sprawa generałów Ciastonia i Płatka to faktyczna kompromitacja prokuratury. Najpierw Sąd Wojewódzki w Warszawie uniewinnił obu oskarżonych, potem ten wyrok został uchylony, a sprawa przekazana do ponownego rozpoznania. W wyniku dalszych decyzji procesowych trafiła znowu do prokuratury. W końcu Ciastoń został uniewinniony, a postępowania wobec Płatka zawieszone z uwagi na stan zdrowia. Nie mniej bulwersujący przebieg ma postępowanie w sprawie dalszych mocodawców zabójców ks. Jerzego Popiełuszki. Po odebraniu śledztwa Witkowskiemu sprawa została podzielona na różne wątki i w końcu unicestwiona poprzez kolejne wyłączenia i umorzenia. Podobnie niepokojący przebieg ma śledztwo "reaktywowane" w 2001 r. Topniejący zespół śledczy Jak relacjonuje Witkowski w książce „Łaknąc sprawiedliwości”, w czasie wspomnianej już rozmowy Lech Kaczyński żałował, że nie jest ministrem sprawiedliwości - prokuratorem generalnym, co mu wcześniej proponowano, gdyż wtedy możliwe byłoby doprowadzenie śledztwa do końca.