Ułaskawiony, odmówił wcześniejszego wyjścia z więzienia. Po uwolnieniu nie zwrócił się o rehabilitację. Płk  Franciszek Niepokólczycki z komunistami nie poszedł na żaden kompromis, bo wybrał prostą drogę – „drogę honoru Polaka prawdziwego”. Franciszek Niepokólczycki już w 1919 r. uciekł z bolszewickiego więzienia. Trafił do niego jako 18-letni komendant Polskiej Organizacji Wojskowej w Żytomierzu. Cele polityki rosyjskiej w stosunku do Polski były mu aż za dobrze znane, podobnie jak sam bolszewizm. Od sierpnia 1920 r. służył w Wojsku Polskim i walczył w wojnie polsko-sowieckiej.