Akta IPN nie są tylko świadectwem załamań ludzkich. Jest tam także wiele
świadectw bohaterstwa ludzi (także księży i zakonnic), którzy nie dali się
złamać - powiedział ks. Tadeusz Zaleski-Isakowicz, apelując o wyjaśnienie
kwestii agentury SB wśród duchownych „w duchu prawdy i miłosierdzia".
Nowy departament, stare metody
Koniec Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego (1954 rok) nie oznaczał kresu walki z Kościołem. Nadal działał Komitet ds. Bezpieczeństwa Publicznego przy Radzie Ministrów, posiadający swoje delegatury terenowe. Nie zmieniły się także dotychczasowe metody pracy. Pionem przeznaczonym do walki z Kościołem kierował wówczas płk Dziemidok. Po 1956 roku Służba Bezpieczeństwa (SB) stała się częścią Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. W jej szeregach pracowało wówczas ok. 16 tysięcy funkcjonariuszy. Specjalne miejsce w strukturze SB zajmował departament III, przeznaczony do walki z działalnością antypaństwową. Obejmował on także komórki, które z czasem stworzyły wydział ds. kościelnych, a w 1962 roku przekształcone zostały w departament IV, którego jedynym zadaniem była wałka z Kościołem. Na jego czele stanął płk Stanisław Morawski. Stopniowo rozbudowywane były kompetencje tego pionu, który kontrolować miał wszelkie przejawy życia Kościoła w Polsce. Służyły temu m.in. tak zwane teczki zagadnieniowe, które w 1969 roku nakazywano zakładać wszystkim duchownym w celu operacyjnej kontroli ich życia i pracy. W latach 70. w strukturze departamentu IV pracowało już ok. 1000 funkcjonariuszy.
Później wielokrotnie zmieniały się nazwy instytucji, numery departamentów i niektórzy ludzie. Pozostał natomiast cel — kontrola i kompromitacja Kościoła, metody — prowokacja, dezinformacja i agentura oraz radzieccy doradcy. Niemal do końca istnienia Służby Bezpieczeństwa posiadali oni uprzywilejowaną pozycję w strukturach polskich służb specjalnych. Podobnie wyglądała sytuacja w departamencie IV SB, który przejął funkcję departamentu XI UBP i zajmował się działalnością Kościołów w Polsce, a przede wszystkim Kościołem katolickim. Znaczenie tego Departamentu wzrosło po wyborze kardynała Karola Wojtyły na papieża oraz w latach stanu wojennego, gdy w Kościele znalazła schronienie część opozycji politycznej.