Akta IPN nie są tylko świadectwem załamań ludzkich. Jest tam także wiele
świadectw bohaterstwa ludzi (także księży i zakonnic), którzy nie dali się
złamać - powiedział ks. Tadeusz Zaleski-Isakowicz, apelując o wyjaśnienie
kwestii agentury SB wśród duchownych „w duchu prawdy i miłosierdzia".
Prymas Wyszyński przebywając na wygnaniu w Komańczy w swoich zapiskach jednoznacznie oceniał duchowe korzenie ruchu „księży patriotów”: „Walka dziś toczona z Kościołem zwycięża w wielu ludziach właśnie dlatego, że pieką sobie chleb z kamieni, rzuconych Kościołowi pod nogi, że pozwąłaja się nosić na rękach złym duchom, że nieustannie padają plackiem na twarz, bijąc służalcze hołdy wszystkim kusicielom. To są współcześni katolicy «postępowi». W czym? «Po-stępowi» w złu! Czynią nieustanny postęp w uległości wszystkim, coraz słabszym pokusom. — Czy mam się z nich gorszyć? Nie, raczej mam mądrzeć, abym sam nie był kuszony”. Po latach historyk napisze: „księża patrioci, intelektualiści katoliccy, komisje księży przy ZBoWiD-zie to główne produkty działań urzędów bezpieczeństwa”. Z pewnością dalece nie wszyscy duchowni, uczestnicy tych ruchów byli agentami bezpieki. Bez względu jednak na ich intencje byli użytecznym narzędziem walki z Kościołem, przyczyniając się do podziałów wśród wiernych oraz duchowieństwa.
Po odwilży
Przełom października 1956 roku przyniósł pewną normalizację w stosunkach Kościoła z władzami. Powrócił z internowania Prymas Polski oraz inni wygnani biskupi. Usunięto najbardziej skompromitowanych „księży patriotów”, lecz wielu z nich pozostało w różnych instytucjach, a zwłaszcza w upaństwowionej „Caritas”. Nie było wówczas w Polsce ani warunków, ani możliwości dla dokonywania obrachunku za lata stalinizmu. Prymas Wyszyński uznał, że najważniejszą sprawą tamtej doby jest utrzymanie jedności Kościoła. Na pierwszej audiencji u Piusa XII w Rzymie Prymas stanął wraz z biskupem Antonim Baraniakiem, który przeszedł brutalne śledztwo i był więziony, jak i biskupem Michałem Klepaczem, który w tym samym czasie wydawał oświadczenia na temat dobrych relacji z komunistycznym państwem. Towarzyszył im także bp Zygmunt Choromański, sekretarz Konferencji Episkopatu Polski. Ksiądz Prymas bronił w Rzymie duchownych, którzy posunęli się nieraz zanadto w bliskiej współpracy ze stalinowskim aparatem bezpieczeństwa. Uznał, że utrzymanie jedności Kościoła jest rzeczą ważniejszą aniżeli dociekanie okoliczności zachowań w czasie minionym.
Władze nie zaniechały jednak prób rozbijania jedności duchowieństwa. W lutym 1957 roku sekretarz KC PZPR Al-brecht na spotkaniu z pracownikami MSW podkreślał: „W walce klasowej najważniejszą siłę stanowi Kościół katolicki. Tam trzeba werbować agentów jak przedtem, trzeba rozpracowywać jak przedtem wrogo działających księży, gdzie by oni nie byli”.
W czerwcu 1959 roku czterdziestu dziewięciu duchownych powołało pod patronatem władz Koło Księży przy Zarządzie Głównym i przy zarządach okręgowych „Caritas". Do końca września 1959 roku utworzono piętnaście kół wojewódzkich skupiających 150 księży. Pomimo ostrej reakcji biskupów, nowy ruch księży patriotów rozwijał się, korzystając z wyraźnej protekcji władz. Liderami organizacji zostali księża: Stanisław Owczarek, Stanisław Huet i Roman Szemray. W następnych latach organizacja stopniowo, lecz systematycznie powiększała swe szeregi. Na jej czele w latach 60. stanął ks. Bonifacy Woźny. Członkom zarządu przyznano wynagrodzenie z funduszu Urzędu ds. Wyznań. W marcu 1961 roku w kołach księży było już 485 duchownych, pomimo energicznych prób czynionych przez biskupów, aby nie dopuścić do rozwoju tej organizacji.