Franciszek jest trzecim papieżem odwiedzającym Indonezję, kraj z największą liczbą muzułmanów na świecie

W grudniu 1970 roku Paweł VI przebywał w stolicy Indonezji, Dżakarcie, przez dwa dni. Spotkał się z tamtejszymi katolikami i z ówczesnym prezydentem - Suharto.

Polski papież przyleciał do Dżakarty 9 października 1989 roku, gdy prezydentem był nadal Suharto. Jego wizyta w tym państwie trwała pięć dni. W jej trakcie odwiedził też Timor Wschodni, który był wtedy okupowany przez Indonezję. Niepodległość uzyskał w 2002 roku.

W Indonezji przebywała wówczas duża grupa polskich misjonarzy, wśród nich werbiści na wyspie Flores, bardzo zaangażowani w kwestie bytowe miejscowej ludności. Zakładali ambulatoria, pracowali przy budowie szkół, kaplic i dróg. To na tej wyspie mieszka w tym kraju najwięcej katolików.

Władze Indonezji nie zgadzały się wówczas na przyjmowanie nowych misjonarzy, dlatego Polacy przebywający tam na misjach skłonni byli przyjmować obywatelstwo tego kraju. Dzięki temu, gdy wyjeżdżali, mogli później wrócić.

Na stadionie w Dżakarcie Jan Paweł II odprawił mszę dla około 130 tysięcy osób.

W przemówieniu do Suharto papież mówił o potrzebie uznania "różnorodności, poszanowania praw człowieka i politycznych wszystkich obywateli", "tolerancji i szacunku dla innych".

Jednym z najciekawszych wydarzeń podczas tej podróży było zorganizowane dla papieża przyjęcie i spektakl w rezydencji prezydenta, złożony z tradycyjnej indonezyjskiej muzyki oraz tańców. Oprawa tego wydarzenia: w sali, gdzie stały stoliki z serwowaną herbatą i ciasteczkami, oraz tańce na scenie sprawiły, że towarzyszący wtedy papieżowi dziennikarze stwierdzili żartobliwie, że po raz pierwszy był on w "lokalu".

W mieście Yogyakarta w środkowej części Jawy, u podnóża wulkanu Merapi, Jan Paweł II odprawił mszę z udziałem 150 tysięcy wiernych.

Podczas wizyty w kraju z największą liczbą wyznawców islamu na świecie papież spotkał się w Dżakarcie z przedstawicielami głównych wspólnot religijnych - muzułmanami, a także reprezentantami protestantyzmu, katolicyzmu, hinduizmu oraz buddyzmu. Miejscem spotkania był skansen Taman Mini, w którym prezentowane są obiekty tradycyjnego budownictwa ze wszystkich indonezyjskich regionów.

W mieście Maumere na wyspie Flores Jan Paweł II odprawił mszę, w której uczestniczyło około ćwierć miliona osób.

Papież udał się też na wyspę Timor w Archipelagu Malajskim, która od 1976 roku była okupowana przez Indonezję i została włączona do tego kraju jako prowincja. Niemal cała jej ludność to katolicy. W czasach okupacji władze w Dżakarcie prowadziły politykę wynaradawiania i odbierania dzieci rdzennym Timorczykom.

Dzień wizyty papieża - 12 października 1989 roku - przeszedł do historii wyspy. Został tam entuzjastycznie powitany przez ludność, domagającą się wyzwolenia spod rządów Dżakarty.

W mieście Dili Jan Paweł II poświęcił katedrę Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, a na błoniach Trzech Jezior odprawił mszę dla około 100 tysięcy osób. Jego homilię uznano za dodającą mieszkańcom nadziei w walce o niepodległość.

O napięciu panującym na wyspie w związku z wizytą papieża świadczy to, że kiedy towarzyszący mu dziennikarze wrócili z niej do hotelu, zostali pozbawieni na jakiś czas prądu i łączności telefonicznej.

Timor Wschodni uzyskał niepodległość w 2002 roku.

Na pamiątkę historycznej wizyty Jana Pawła II w Dili w 2008 roku odsłonięty został jego pomnik.

Pięć lat temu Timor Wschodni ogłosił św. Jana Pawła II patronem edukacji, a w 2021 roku zainaugurowano działalność pierwszego katolickiego Uniwersytetu w Timorze Wschodnim, który nosi imię św. Jana Pawła II.

Kolejnym etapem papieskiej podróży po Indonezji był Medan, stolica prowincji Sumatra Północna, gdzie znajduje się lotnisko o nazwie Polonia.

Około 100 tysięcy osób zgromadziło się na mszy odprawionej koło siedziby misji franciszkanów konwentualnych.