Akta IPN nie są tylko świadectwem załamań ludzkich. Jest tam także wiele
świadectw bohaterstwa ludzi (także księży i zakonnic), którzy nie dali się
złamać - powiedział ks. Tadeusz Zaleski-Isakowicz, apelując o wyjaśnienie
kwestii agentury SB wśród duchownych „w duchu prawdy i miłosierdzia".
Plany MBP
Szacuje się, że ok. 1500 polskich księży katolickich, a więc ponad 10 procent wszystkich kapłanów, było skupionych w prorządowych organizacjach, wspomnianym już ruchu paxowskim, zbowidowskim oraz caritasowym i znajdowało się w zasięgu oddziaływania MBP. Nie oznacza to, że wszyscy oni byli tajnymi współpracownikami bezpieki. Prawdopodobnie do końca lat 40. Urząd nie posiadał szerszej sieci agenturalnej w Kościele katolickim. Później ta sytuacja uległa zmianie. Już w latach 40. kierownictwo MBP stawiało sprawę werbunku duchownych jako jedno z naczelnych zadań. Świadczy o tym choćby referat płk Julii Brystygierowej wygłoszony w 1947 roku. Autorka sugerowała w nim szerokie rozpracowanie Kościoła metodami operacyjnymi, jak i stworzenie własnej agentury w jego szeregach. „Środowisko, w jakim należy budować sieć agencyjną niezależnie od księży (których werbunek na szczeblu naszego aparatu powiatowego nastręcza zrozumiałe trudności): w kurii aparat urzędniczy kurialny, b. źle płatny, w parafii — słudzy kościelni, organiści, itp. otoczenie towarzyskie księży (inteligencja wiejska, kupcy), kobiety, z którymi księża utrzymują lub utrzymywali intymne stosunki (...) Dla umożliwienia celnego nacisku w odpowiednim kierunku — należy wszechstronnie zaznajomić się z bazą materialną kleru" 23. A dwa lata później minister bezpieczeństwa publicznego Stanisław Radkiewicz informował kierownictwo partii, że posiada zaledwie kilkudziesięciu agentów w środowiskach kościelnych: Bydgoszcz — l, Gdańsk — 3, Katowice — 9, Kielce — 9, Kraków — 10, Lublin — l, Łódź — 3, Olsztyn — 4, Poznań — 14, Rzeszów — 9, Warszawa — l, Wrocław — 1. Radkiewicz podkreślał, że „odcinek kleru” wymaga największej czujności ze strony organów bezpieczeństwa, gdyż stanowi „najbardziej zorganizowaną część składową reakcji”. Natomiast inni uczestnicy tej narady przekonywali, że „biorąc pod uwagę długofalową pracę z agenturą” należy zwrócić uwagę na kleryków i kandydatów do stanu duchownego. Zalecano werbunek tych osób zarówno przed wstąpieniem do seminarium, jak i w trakcie studiów. Zamierzano także rozpracowywać ich środowiska rodzinne oraz towarzyskie. Ważnym zadaniem operacyjnym, jakie postawiono przed funkcjonariuszami UB, była penetracja kadry seminariów duchownych.
W kwietniu 1950 roku system kontroli państwa nad Kościołem uległ dalszej instytucjonalizacji. Powołany został Urząd ds. Wyznań, który przejął wszystkie kontakty pomiędzy Kościołem a państwem. Od samego początku istnienia Urząd był ściśle powiązany z organami bezpieczeństwa zarówno pod względem personalnym, jak i merytorycznym. W praktyce pracownicy Urzędu często realizowali zadania wyznaczane im przez funkcjonariuszy bezpieczeństwa państwowego. Ich rola była wielka zwłaszcza na terenie Ziem Zachodnich, gdzie struktury kościelne były słabe, a stopień uzależnienia od władz państwowych znaczny. Ten wpływ państwa powiększył się, gdy w styczniu 1951 roku władze usunęły administratorów apostolskich z Gdańska, Gorzowa Wielkopolskiego, Opola, Wrocławia. Ich miejsce zajęli wybrani pod naciskiem władz administracyjnych i organów bezpieczeństwa wikariusze kapitulni. W praktyce pozostawali dyspozycyjni wobec władz. Również swe najbliższe otoczenie kształtowali poprzez awans duchownych należących do ruchu „księży patriotów”.